应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 运行PAMLX出现了问题，求教~~~
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 2461  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

三与七之间

铁虫 (小有名气)

[求助] 运行PAMLX出现了问题，求教~~~ 已有1人参与

如下图，我首先将PAML4.8放在了PAMLX文件夹下，然后找了PAML4.8文件夹下的example里的一个例子，将例子中的序列对比文件（*.phy)，树文件(*.tree)以及codeml.ctl一起放在了bin文件夹里(此文件夹中原本就有condeml.exe)，之后从PAMLX-tool-configuration里设置了路径，input序列对比文件以及树文件,最后在pamlx文件夹下建立了一个outfile 文件夹，然后点run开始运行，但是总是运行一段就再也不往下运行了（运行到最后一张图的状态就不再动了），这是为什么呢？？求大侠们帮帮小妹啦~~~
运行PAMLX出现了问题，求教~~~
a.png


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-1
b.png


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-2
1.png


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-3
2.jpg


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-4
4.jpg


运行PAMLX出现了问题，求教~~~-5
3.png
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-07-18 10:49:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
7楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-07-24 21:12:03
谢谢你，那大侠还记不记得参数设置啊？比如我要做鸟类的某个基因的正选择位点分析，大概选出了14个物种，其中的参数要怎么设比较好呀~~~~大侠帮帮我~~...

看说明文档啊，就记得选了几个不同的模型同时做的。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2015-07-25 07:09:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)
刚刚发现它又往下动了动，但是真的是过了好久之后才运行了一点，，，，，好慢，是不是我设置的有问题啊
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-18 10:56:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nanshanjin

新虫 (初入文坛)
不懂帮顶
回复此楼
3楼2015-07-19 15:13:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-07-25 20:02:06
三与七之间: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-07-26 15:59:27
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-20 01:04:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-20 01:04:07
只要还在运行，就没有关系。
codeml的运行时间和你多序列比对的序列长度和数目有关系，我有运行过2个多星期的。
这个图形界面没什么用，还是直接在命令行下面直接运行比较好，如果有cluster的话，速度还可以更快

恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-23 15:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-07-23 15:30:01
恩恩，我明白了，谢谢，不过我还有个问题想请教。我运行的时候总有# seqs in tree file does not match.  Read as the nexus format.这种提示，但是能够运行出结果，这是什么原因啊？是树有问题吗？...

好久不弄这个，也记不清楚了，只记得我的文件格式就是nexus，因为我是用PAUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式说明http://hydrodictyon.eeb.uconn.ed ... etics:_NEXUS_Format， NEXUS里的序列按3个碱基一组排列，比如 AGC GCC GCT ATT
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-24 08:55:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-24 08:55:59
好久不弄这个，也记不清楚了，只记得我的文件格式就是nexus，因为我是用PAUP 分析的。你可以看下例子http://paup.csit.fsu.edu/nfiles.html，格式说明http://hydrodictyon.eeb.uconn.edu/eebedia/index.php/Phylog ...

谢谢你，那大侠还记不记得参数设置啊？比如我要做鸟类的某个基因的正选择位点分析，大概选出了14个物种，其中的参数要怎么设比较好呀~~~~大侠帮帮我~~
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-24 21:12:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wizardfan at 2015-07-25 07:09:39
看说明文档啊，就记得选了几个不同的模型同时做的。...

恩恩，我现在已经研究出些眉目了，只是还是有不明白的地方，就是ncatG这个参数，我查资料是这么说的：变化的 ncatG被用来指定在一些特定的模型下的w分布的类型的数目。如果使用NSsites执行多个模型，ncatG的参数也需要重新设置。

啥叫w分布的类型的数目？？
赞一下 回复此楼
9楼2015-07-25 16:01:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

进化可以简单分成3种，有益，有害，和中性。有的理论是大部分都是中性的，少部分是有益，有害的。印象中这个w分布就是描述这个有益/中性比例的
赞一下 回复此楼
10楼2015-07-27 20:57:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 三与七之间 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297求调剂 +11 田洪有 2026-03-26 11/550 2026-03-29 13:14 by peike
[考研] 一志愿哈尔滨工业大学材料与化工方向336分 +9 辰沐5211314 2026-03-26 9/450 2026-03-29 01:12 by 我是小康
[考研] 本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂 +7 AZMK 2026-03-28 11/550 2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
[考研] 一志愿华北电力大学能动专硕，293，求调剂 +3 15537177284 2026-03-23 5/250 2026-03-28 16:11 by xxxsssccc
[考研] 求调剂 +3 QiMing7 2026-03-25 4/200 2026-03-28 14:30 by QiMing7
[考研] 266分，求材料冶金能源化工等调剂 +7 哇呼哼呼哼 2026-03-27 9/450 2026-03-28 12:22 by zllcz
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +7 hanamiko 2026-03-27 7/350 2026-03-28 09:56 by 李上岸0921
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 333求调剂 +3 question挽风 2026-03-23 3/150 2026-03-27 11:29 by 不吃魚的貓
[考研] 调剂求收留 +7 果然有我 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:26 by wxiongid
[考研] 341求调剂 +7 青柠檬1 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:19 by wxiongid
[考研] 327求调剂 +7 prayer13 2026-03-23 7/350 2026-03-26 20:48 by 不吃魚的貓
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 290分调剂求助 +3 吉祥止止陈 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 0854电子信息求调剂 324 +4 Promise-jyl 2026-03-23 4/200 2026-03-25 11:36 by Sugarlight
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生（材料、化学、电化学，环境） +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 一志愿吉大化学322求调剂 +4 17501029541 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:21 by 戴围脖的小蚊子
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 280分求调剂 一志愿085802 +4 PUMPT 2026-03-22 7/350 2026-03-22 22:13 by 星空星月
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭