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watcher0821

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于ZINC数据库下载小分子进行对接的问题 已有3人参与

我是虚拟筛选的初级选手,想请教一下有经验的大侠们,我在ZINC数据库中的lead-like和fragment-like里下载的小分子,是一个mol2文件中有无数个小分子,我提取50个小分子保存在一个mol2文件里,在AUTODOCK里面对接报错,打算对接600个小分子又不可能一个一个的保存,我是不是应该把有多个小分子的文件转化成一个文件里只有一个小分子的格式,该用什么转化怎么转换,谢谢啦~
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therotyonth

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你好!autodock目前为止,似乎还不能处理多个小分子的对接,要一个一个的处理,可以选择自己写脚本或者换软件对接。当然也有可能我不知道怎么对接多个。

[ 发自小木虫客户端 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-07-22 23:58:15
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
处理好后,用Vina做虚拟筛选,autodock不能用于虚拟

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2015-07-24 10:52:21
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watcher0821

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by therotyonth at 2015-07-22 23:58:15
你好!autodock目前为止,似乎还不能处理多个小分子的对接,要一个一个的处理,可以选择自己写脚本或者换软件对接。当然也有可能我不知道怎么对接多个。

多谢啦,已经解决
4楼2015-09-15 16:56:32
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watcher0821

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by longdlut at 2015-07-24 10:52:21
处理好后,用Vina做虚拟筛选,autodock不能用于虚拟

是哒
5楼2015-09-15 16:56:55
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zhang360

新虫 (正式写手)

楼主是如何完成多个小分子与一个受体对接的?
6楼2016-07-11 20:17:57
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mahu___

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主,我也遇到了类似的问题,可以求助一下?怎么写脚本,然后一下子筛选多个小分子呢?谢谢啦
7楼2017-10-29 09:59:01
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watcher0821

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhang360 at 2016-07-11 20:17:57
楼主是如何完成多个小分子与一个受体对接的?

现在回复你好像有点晚了,但是希望我的回答可以帮到有类似问题的人,autodock官网上有用于做虚拟筛选的教程,也就是很多小分子批量对接到一个受体,官网上还提供了脚本,你只要根据教程输简单的命令去运行脚本就可以了
8楼2017-12-03 18:30:11
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watcher0821

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by mahu___ at 2017-10-29 09:59:01
楼主,我也遇到了类似的问题,可以求助一下?怎么写脚本,然后一下子筛选多个小分子呢?谢谢啦

同楼上的回复,你需要自己写一个简单的脚本把下载下俩一个文件里面有多个小分子拆成一个文件里只有一个小分子的形式,然后在autodock的官网上有用autodock做虚拟筛选的教程和脚本,跟着教程走就OK了
9楼2017-12-03 18:34:11
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