24小时热门版块排行榜    

查看: 3179  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

watcher0821

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于ZINC数据库下载小分子进行对接的问题 已有3人参与

我是虚拟筛选的初级选手,想请教一下有经验的大侠们,我在ZINC数据库中的lead-like和fragment-like里下载的小分子,是一个mol2文件中有无数个小分子,我提取50个小分子保存在一个mol2文件里,在AUTODOCK里面对接报错,打算对接600个小分子又不可能一个一个的保存,我是不是应该把有多个小分子的文件转化成一个文件里只有一个小分子的格式,该用什么转化怎么转换,谢谢啦~
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang360

新虫 (正式写手)

楼主是如何完成多个小分子与一个受体对接的?
6楼2016-07-11 20:17:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

therotyonth

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你好!autodock目前为止,似乎还不能处理多个小分子的对接,要一个一个的处理,可以选择自己写脚本或者换软件对接。当然也有可能我不知道怎么对接多个。

[ 发自小木虫客户端 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-07-22 23:58:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
处理好后,用Vina做虚拟筛选,autodock不能用于虚拟

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2015-07-24 10:52:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

watcher0821

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by therotyonth at 2015-07-22 23:58:15
你好!autodock目前为止,似乎还不能处理多个小分子的对接,要一个一个的处理,可以选择自己写脚本或者换软件对接。当然也有可能我不知道怎么对接多个。

多谢啦,已经解决
4楼2015-09-15 16:56:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 87/4350 2026-08-18 06:35 by 医学老男孩
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见