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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » dss诱导c57小鼠结肠炎模型提结肠RNA做real time pcr，为什么连内参都测不出ct值？
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banbuer2666

新虫 (初入文坛)

[求助] dss诱导c57小鼠结肠炎模型提结肠RNA做real time pcr，为什么连内参都测不出ct值？ 已有1人参与

我最近在做2%dss诱导的结肠炎小鼠模型，首先强调一下，我实验中用的所有方法，引物，试剂盒不是来自相关文献中就是实验室已经用了很长时间的，我个人也做过非常多的提组织RNA做real time pcr的经验。可这次实在是没办法了，只好来问问大家。
我是看了多篇博士论文和SCI文献，按它们的方法取的结肠组织，然后加trizol研磨提取RNA，DNA酶1处理后逆转录成cDNA，做real time pcr。为了结果更可靠，我特意同时处理了一只没有给药，普通饲养的小鼠。
结果非常奇怪。我用的所有引物都来自SCI文献，这些文献都是做的dss肠炎模型，小鼠品系跟我也一样。可我的小鼠就是跑不出来结果，ct值测不出来，关键连内参都跑不出来，我的cDNA上样量每个孔从1ug到5ug以上都试过了，全部都测不出ct值。可同时做的那个正常小鼠的结果就非常好。我RNA都提了两批啦，仪器也用过ABI7500和Biorad的，我同期还做了另一个课题的皮肤组织的real time pcr也没有问题。我甚至重新做了一批肠炎小鼠，从头重新做还是不行。
想问问肠炎小鼠的RT-PCR有什么特殊之处吗？我内参都换了三种啦，这三种都是最新的跟我同品系小鼠dss肠炎模型的SCI文献中用的呀！为什么就是做不出来？
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1楼 2015-07-12 10:40:32
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banbuer2666

新虫 (初入文坛)
自己顶一下，为什么没人回帖呢😭

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2楼2015-07-14 00:08:11
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halfbeer

捐助贵宾 (小有名气)

这是啥？

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香，分子生物期待您更多精彩。 2015-10-17 18:03:27
引物你自己设计下试试，人家文章中的引物会不会改了某个碱基，很多文章你比着做真心做不出来
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现在我们能做的就是努力努力再努力
3楼2015-07-14 08:05:26
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banbuer2666

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by halfbeer at 2015-07-14 08:05:26
引物你自己设计下试试，人家文章中的引物会不会改了某个碱基，很多文章你比着做真心做不出来

我在合成引物之前都blast过，而且做real time pcr之前我会先做测序确定产物确实是目的基因才会做rt-pcr，而且我同时一起做的正常饲养的小鼠的结果很好。就肠炎的小鼠不行。

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2015-07-14 12:45:19
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孟倩倩2014

新虫 (初入文坛)
我也遇到这个问题 你是怎么解决的呢
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5楼2015-10-17 13:04:04
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wangzhe1124

银虫 (初入文坛)
楼主你好！  
最近我也要做C57肠炎模型，很多问题没搞明白。
向你请教一下，你用的DSS分子量是多少？ 哪儿买的？

谢谢！
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6楼2015-10-29 16:50:04
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