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草田露

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于力场的编写 求擅长towhee的大神指导! 已有1人参与

打算模拟二氯甲烷的气液相密度,选用了OPLS-1996中适合二氯甲烷的一些参数,编写力场如下:
towhee_ff Version
          14
Number of Nonbonded Types
         2
Potential Type
Lennard-Jones                 
Classical Mixrule
Geometric     
Atom Type Number
         1
Nonbond Coefficients
    0.3800000000E+01
    0.5937955880E+02
    0.3800000000E+01
    0.2968977940E+02
Mass
    0.1201070000E+02
Element
C
Bond Pattern
null
Base Charge
    0.5000000000E+00
Polarizability
    0.1000000000E+01
Force Field Name
OPLS-1996
Atom Names
C  
C   
C
C   
Atom Type Number
         2
Nonbond Coefficients
    0.3400000000E+01
    0.1509649800E+03
    0.3400000000E+01
    0.7548249000E+02
Mass
    0.3545300000E+02
Element
Cl
Bond Pattern
null
Base Charge
   -0.2500000000E+00
Polarizability
    0.1000000000E+01
Force Field Name
OPLS-1996
Atom Names
Cl                                 
Cl                              
Cl                             
Cl                  
Number of Bonded Terms                                                                          
         1                                                  
Bond Type Number                           
           1                                                   
Bond Style                             
           1                                 
Bond Coefficients                                   
    0.1772000000E+01                                               
Vibration Order                                                                           
single     
Force Field Name                                                                                       
OPLS-1996                                                   
Number of Atoms with Same Parameters                                                                                          
           1
Atom Names                                         
C    Cl                                             
Number of Angle Terms                                    
           1                                             
Angle Type Number                                                   
           1                                               
Angle Style
           1                                    
Angle Coefficients                                    
    0.1118000000E+03                                    
    0.9057898800E+05                                      
Angle Order                                          
wild                                                
Force Field Name                                             
OPLS-1996                                                                                                                 
Number of Atoms with Same Parameters                                                                             
           1                                                   
Atom Names                                                      
Cl    C    Cl                                                      
Number of Torsion Terms                                                                             
           0                                                                                                                          
Number of Improper Terms                                                   
           0                                                                                                                  
Number of Angle-Angle Terms                                                                                                              
           0                                                                                                      
Number of One-Five Types                                                                                             
           0                                                      
Number of Bond Increments                                                                                                         
           0                                                                              
input文件如下:
inputformat
'Towhee'
ensemble
'nvt'
temperature
324.0d0
nmolty
1
nmolectyp
300
numboxes
2
stepstyle
'cycles'
nstep
30000
controlstyle
'equilibration'
potentialstyle
'internal'
ffnumber
1
ff_filename
/home/user1/towhee/towhee-7.0.2/ForceFields/towhee_ff_OPLS-1996
classical_potential
'Lennard-Jones'      
classical_mixrule
'Geometric '
lshift
.false.
ltailc
.true.
rmin  
0.8d0
rcut  
10.0d0
rcutin
10.0d0
electrostatic_form
'coulomb'
coulombstyle
'ewald_fixed_kmax'
kalp
5.6d0
kmax
5
dielect
1.0d0
linit   
.ture.
initboxtype
'dimensions'
initstyle
'full cbmc'
'full cbmc'
initlattice
'simple cubic'
'simple cubic'
initmol
240
60
inix iniy iniz
8    8    7   
4    4    4   
hmatrix
29.90d0 0.0d0 0.0d0
0.0d0 29.90d0 0.0d0
0.0d0 0.0d0 29.90d0
121.82d0 0.0d0 0.0d0
0.0d0 121.82d0 0.0d0
0.0d0 0.0d0 121.82d0
pmvol
0.002d0   
          pmvlpr
          1.0d0
          rmvol
          0.1d0
          tavol
          0.5d0
pmcb
0.354d0     
          pmcbmt
          1.0d0
          pmall
          0.0d0
pmtracm
0.675d0          
          pmtcmt
          1.0d0
          rmtrac
          0.5d0
          tatrac
          0.5d0
pmrotate
1.0d0
          pmromt
          1.0d0
          rmrot
          0.05d0
          tarot
          0.5d0
cbmc_formulation
'Martin and Frischknecht 2006'
cbmc_setting_style
'Martin and Frischknecht'
#
input_style
'basic connectivity map'
nunit
3
nmaxcbmc
3
lpdbnames
F
forcefield
'OPLS-1996'
charge_assignment
'bond increment'
unit ntype  qqatom
1    'Cl'   -0.250d0
vibration
1
2
improper torsion
0
unit ntype  qqatom
2    'C'    0.500d0
vibration
2
1 3
improper torsion
0
unit ntype  qqatom
3    'Cl'   -0.250d0
vibration
1
2
improper torsion
0
在towhee软件中运行时,outpu文件中出现这样的错误,
Building the input file for molecule type:     1
unit:    1 name:Cl        
unit:    2 name:C         
unit:    3 name:Cl        
parameters not found for bond
atoms:           1  and:           2  vib:           1
names:
Cl        
C         
希望好心人帮忙指点一二
另附上力场及input文件
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我感觉应该还是你的ff文件内容有错误。这个文件对于空格也是敏感的,不能多也不能少。建议使用程序自带的ff文件,如果要修改也要先在文件中做一步一步的修改。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-06-23 10:24:23
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草田露

银虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2015-06-23 10:24:23
我感觉应该还是你的ff文件内容有错误。这个文件对于空格也是敏感的,不能多也不能少。建议使用程序自带的ff文件,如果要修改也要先在文件中做一步一步的修改。

谢谢师兄!
3楼2015-06-23 11:29:33
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