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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » Towhee能模拟气体吸附等温线吗？
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] Towhee能模拟气体吸附等温线吗？

如题，我研究的是无机多孔材料对气体分子的吸附。请问各位能用Towhee模拟单组分气体吸附吗？多组分气体吸附呢？
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1楼 2013-12-07 18:00:05
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gx730

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-08 16:43:30
towhee主要是用来模拟相平衡的，关于吸附也有人做过这方便的工作，不过不多。最关键的还是要看你的体系选择吧。软件局限性很大。
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2楼2013-12-08 10:18:15
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gx730 at 2013-12-08 10:18:15
towhee主要是用来模拟相平衡的，关于吸附也有人做过这方便的工作，不过不多。最关键的还是要看你的体系选择吧。软件局限性很大。

我想做的是GCMC，在小木虫上看到很多人说做MC最好的软件是Towhee,但我不知道它能不能做我所需要的模拟。MS的Sorption就可以实现，但感觉MS并不太专业，与实验数据吻合得不够好。
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3楼2013-12-08 16:06:35
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Voland

金虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by calebby at 2013-12-08 16:06:35
我想做的是GCMC，在小木虫上看到很多人说做MC最好的软件是Towhee,但我不知道它能不能做我所需要的模拟。MS的Sorption就可以实现，但感觉MS并不太专业，与实验数据吻合得不够好。...

MS不太专业，和实验数据吻合得不够好。
LZ何出此言？
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Yağma！Yağma！Yağma！
4楼2013-12-08 22:43:22
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)
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4楼: Originally posted by Voland at 2013-12-08 22:43:22
MS不太专业，和实验数据吻合得不够好。
LZ何出此言？...

MS自带的力场文件只有那几种，有很多原子在其中找不到合适的力场，而且MS似乎不让自己修改力场文件。可能我对MS的理解还不够全面吧。
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5楼2013-12-09 10:07:44
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Voland

金虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-12-09 18:55:44
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5楼: Originally posted by calebby at 2013-12-09 10:07:44
MS自带的力场文件只有那几种，有很多原子在其中找不到合适的力场，而且MS似乎不让自己修改力场文件。可能我对MS的理解还不够全面吧。...

好吧，LZ，其实MS可以改力场文件的，当下最经常干的事就是UFF+Dreiding+Amber+自拟合的混合力场，不过你说对了一点，我到现在为止也没有看到能够修改力场文件中函数的玩意儿，比方说键长项，如果我想把谐振子模型再追加一个三次方的微扰项，至少在力场文件中我看不到哪里有写能够修改的函数，因此我判断它是MS自带的函数，在力场中调用了而已，而这个，的确对当下的我来说，没法改。
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Yağma！Yağma！Yağma！
6楼2013-12-09 11:25:54
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)
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6楼: Originally posted by Voland at 2013-12-09 11:25:54
好吧，LZ，其实MS可以改力场文件的，当下最经常干的事就是UFF+Dreiding+Amber+自拟合的混合力场，不过你说对了一点，我到现在为止也没有看到能够修改力场文件中函数的玩意儿，比方说键长项，如果我想把谐振子模型再 ...

感谢你的回答。目前我还没有用过混合力场，更不会用量化的方法算出相关的参数，自己拟合一个力场。我在想，如果我直接把文献中的相关参数拿过来用于我自己的模拟，是否需要在使用前先验证一下呢？
最后再问您一个愚蠢的问题：MS的力场文件是在哪个文件夹呢？我没找到.off文件。。。。
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7楼2013-12-09 15:04:40
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Voland

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-12-09 18:55:50
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7楼: Originally posted by calebby at 2013-12-09 15:04:40
感谢你的回答。目前我还没有用过混合力场，更不会用量化的方法算出相关的参数，自己拟合一个力场。我在想，如果我直接把文献中的相关参数拿过来用于我自己的模拟，是否需要在使用前先验证一下呢？
最后再问您一个 ...

验证也只能是算一条吸附等温线出来然后和实验对比看看是否合适啊，总不能和实验值差很多然后说这个模型是更合适的吧？除非你能从理论上证明它优于实验值。
.off在哪里啊？Dreiding和UFF这些在Accelrys\Materials Studio 6.0 x64 Server\share\Resources\Simulation\ClassicalEnergy\FORCEFIELDS\Standard里面，Amber(.frc)在Accelrys\Materials Studio 6.0 x64 Server\share\Discover\res这里。
这个问题不是愚蠢更像是懒惰吧，你应该会用Windows的搜索吧（要是你用Linux我就不清楚了），搜一个.off结尾的文件在什么位置有什么难度么？
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Yağma！Yağma！Yağma！
8楼2013-12-09 16:47:36
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by Voland at 2013-12-09 16:47:36
验证也只能是算一条吸附等温线出来然后和实验对比看看是否合适啊，总不能和实验值差很多然后说这个模型是更合适的吧？除非你能从理论上证明它优于实验值。
.off在哪里啊？Dreiding和UFF这些在Accelrys\Materials  ...

噢，我想起来了，由于我用的系统不是常规的系统，所以文件夹的位置可能有些不太一样，差不多都是在Accelrys\Materials Studio\share\这里找
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Yağma！Yağma！Yağma！
9楼2013-12-09 16:50:18
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)
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9楼: Originally posted by Voland at 2013-12-09 16:50:18
噢，我想起来了，由于我用的系统不是常规的系统，所以文件夹的位置可能有些不太一样，差不多都是在Accelrys\Materials Studio\share\这里找...

不是我懒惰，是我不习惯用windows自带的搜索功能。。。总之OK了，谢谢啦。。。。
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10楼2013-12-09 21:36:21
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