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djh434325996

木虫 (小有名气)

[求助] (2X2X2的f.u.)pnma对称性40-atoms超包POSCAR怎么建? 已有1人参与

如题想建一个40颗原子pnma对称性的超包(2x2x2), 楼主怎么也建不出来,有没有人建过这样的POSCAR?
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-03 19:17:21
pnma对称性最小原包是20颗原子,如下:
Pnma
   1.00000000000000
     5.2182765644714983    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    7.3366593204441619    0.0000000000000 ...

弄到MS里,定义好空间群,输入坐标,先构造出晶胞,在扩展一下就可以了,完事儿后,生成个cell文件,再把坐标读出来。如果不嫌麻烦,自己写个小程序转换一下也行
4楼2015-06-03 19:26:09
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-03 23:03:41
关键点就是这个坐标,怎么转?求帮忙
...

打开MS,随便建个工程文件,右键工程文件名,建一个3D Atomistic.xsd,选择Build-->crystal-->指定空间群pmna,确认退出。
重新打开Build-->Add atoms,添加原子坐标,完成后确认退出。
再打开Build-->symmetry-->supercell定义你要的超胞大小,确认退出;
选择Modules-->calculations-->Files--->Save files-->no(不要转换成高对称!),保存后会生成几个文件,找到.cell的那个,里面就是你要的超胞参数和原子坐标。
7楼2015-06-04 09:35:26
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普通回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

知道对称性,还需要知道原子的位置坐标才可以
2楼2015-06-03 18:08:08
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djh434325996

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 18:08:08
知道对称性,还需要知道原子的位置坐标才可以

pnma对称性最小原包是20颗原子,如下:
Pnma
   1.00000000000000
     5.2182765644714983    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    7.3366593204441619    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    5.1730459731415745
   Ca   Mn   O
     4     4    12
Direct
  0.9580561300414441  0.2500000000000000  0.0080950960542203
  0.4580561300414512  0.2500000000000000  0.4919049039457797
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  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
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  0.7896774448667955  0.9632505852899013  0.7907770335430886
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3楼2015-06-03 19:17:21
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djh434325996

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 19:26:09
弄到MS里,定义好空间群,输入坐标,先构造出晶胞,在扩展一下就可以了,完事儿后,生成个cell文件,再把坐标读出来。如果不嫌麻烦,自己写个小程序转换一下也行...

您说的,没错!现在这个我实在是。。。
以最简单的cubic为参考,最简单的pnma是一种类似于根号2*根号2*2的结构(20颗原子)。我现在想得到2*2*2的结构(40颗原子)。还可以这么做吗?

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2015-06-03 23:02:13
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djh434325996

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 19:26:09
弄到MS里,定义好空间群,输入坐标,先构造出晶胞,在扩展一下就可以了,完事儿后,生成个cell文件,再把坐标读出来。如果不嫌麻烦,自己写个小程序转换一下也行...

关键点就是这个坐标,怎么转?求帮忙

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2015-06-03 23:03:41
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djh434325996

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-04 09:35:26
打开MS,随便建个工程文件,右键工程文件名,建一个3D Atomistic.xsd,选择Build-->crystal-->指定空间群pmna,确认退出。
重新打开Build-->Add atoms,添加原子坐标,完成后确认退出。
再打开Build--& ...

cubic的可以扩成可以扩成根号2*根号2*2的结构吗?
8楼2015-06-04 11:58:54
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hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-04 11:58:54
cubic的可以扩成可以扩成根号2*根号2*2的结构吗?...

构造超胞时,定义一下u,v的取向试试看
9楼2015-06-04 12:08:51
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
djh434325996: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-06-04 16:14:52
格式转换可通过MS和VESTA俩个软件实现格式转换,共同的格式是有.cell,.cif格式。用MS扩胞后,导出超胞.cif格式,用vesta打开,再导出.vasp格式,及POSCAR格式。关于sqrt(2)超胞你可以在更大的超胞上裁取,保证裁取的俩端具有周期性,MS中是容易做到的。
10楼2015-06-04 14:43:45
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