应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » （2X2X2的f.u.）pnma对称性40-atoms超包POSCAR怎么建？
131/2返回列表12下一页
查看: 1937  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

djh434325996

木虫 (小有名气)

[求助] （2X2X2的f.u.）pnma对称性40-atoms超包POSCAR怎么建？ 已有1人参与

如题想建一个40颗原子pnma对称性的超包（2x2x2), 楼主怎么也建不出来，有没有人建过这样的POSCAR？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-06-03 17:03:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-03 19:17:21
pnma对称性最小原包是20颗原子，如下：
Pnma
   1.00000000000000
     5.2182765644714983    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    7.3366593204441619    0.0000000000000 ...

弄到MS里，定义好空间群，输入坐标，先构造出晶胞，在扩展一下就可以了，完事儿后，生成个cell文件，再把坐标读出来。如果不嫌麻烦，自己写个小程序转换一下也行
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2015-06-03 19:26:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-03 23:03:41
关键点就是这个坐标，怎么转？求帮忙
...

打开MS，随便建个工程文件，右键工程文件名，建一个3D Atomistic.xsd，选择Build-->crystal-->指定空间群pmna，确认退出。
重新打开Build-->Add atoms，添加原子坐标，完成后确认退出。
再打开Build-->symmetry-->supercell定义你要的超胞大小，确认退出；
选择Modules-->calculations-->Files--->Save files-->no(不要转换成高对称！)，保存后会生成几个文件，找到.cell的那个，里面就是你要的超胞参数和原子坐标。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2015-06-04 09:35:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
知道对称性，还需要知道原子的位置坐标才可以
赞一下 回复此楼
2楼2015-06-03 18:08:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 18:08:08
知道对称性，还需要知道原子的位置坐标才可以

pnma对称性最小原包是20颗原子，如下：
Pnma
   1.00000000000000
     5.2182765644714983    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    7.3366593204441619    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    5.1730459731415745
   Ca   Mn   O
     4     4    12
Direct
  0.9580561300414441  0.2500000000000000  0.0080950960542203
  0.4580561300414512  0.2500000000000000  0.4919049039457797
  0.0419438699585488  0.7500000000000000  0.9919049039457797
  0.5419438699585559  0.7500000000000000  0.5080950960542203
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000
  0.0116619257227482  0.2500000000000000  0.5709060220497302
  0.9883380742772446  0.7500000000000000  0.4290939779502699
  0.4883380742772518  0.7500000000000000  0.0709060220497301
  0.5116619257227554  0.2500000000000000  0.9290939779502698
  0.7103225551332045  0.0367494147100988  0.2907770335430887
  0.2896774448667953  0.9632505852899013  0.7092229664569114
  0.2103225551332047  0.4632505852899012  0.2092229664569113
  0.7896774448667955  0.5367494147100987  0.7907770335430886
  0.2896774448667953  0.5367494147100987  0.7092229664569114
  0.7103225551332045  0.4632505852899012  0.2907770335430887
  0.7896774448667955  0.9632505852899013  0.7907770335430886
  0.2103225551332047  0.0367494147100988  0.2092229664569113
赞一下 回复此楼
3楼2015-06-03 19:17:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 19:26:09
弄到MS里，定义好空间群，输入坐标，先构造出晶胞，在扩展一下就可以了，完事儿后，生成个cell文件，再把坐标读出来。如果不嫌麻烦，自己写个小程序转换一下也行...

您说的，没错！现在这个我实在是。。。
以最简单的cubic为参考，最简单的pnma是一种类似于根号2*根号2*2的结构(20颗原子)。我现在想得到2*2*2的结构(40颗原子)。还可以这么做吗？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2015-06-03 23:02:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 19:26:09
弄到MS里，定义好空间群，输入坐标，先构造出晶胞，在扩展一下就可以了，完事儿后，生成个cell文件，再把坐标读出来。如果不嫌麻烦，自己写个小程序转换一下也行...

关键点就是这个坐标，怎么转？求帮忙

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2015-06-03 23:03:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-04 09:35:26
打开MS，随便建个工程文件，右键工程文件名，建一个3D Atomistic.xsd，选择Build-->crystal-->指定空间群pmna，确认退出。
重新打开Build-->Add atoms，添加原子坐标，完成后确认退出。
再打开Build--& ...

cubic的可以扩成可以扩成根号2*根号2*2的结构吗？
赞一下 回复此楼
8楼2015-06-04 11:58:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-04 11:58:54
cubic的可以扩成可以扩成根号2*根号2*2的结构吗？...

构造超胞时，定义一下u,v的取向试试看
赞一下 回复此楼
9楼2015-06-04 12:08:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
djh434325996: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-06-04 16:14:52
格式转换可通过MS和VESTA俩个软件实现格式转换，共同的格式是有.cell,.cif格式。用MS扩胞后,导出超胞.cif格式，用vesta打开，再导出.vasp格式，及POSCAR格式。关于sqrt(2)超胞你可以在更大的超胞上裁取，保证裁取的俩端具有周期性，MS中是容易做到的。
赞一下 回复此楼
10楼2015-06-04 14:43:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 djh434325996 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭