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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » （2X2X2的f.u.）pnma对称性40-atoms超包POSCAR怎么建？
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djh434325996

木虫 (小有名气)

[求助] （2X2X2的f.u.）pnma对称性40-atoms超包POSCAR怎么建？ 已有1人参与

如题想建一个40颗原子pnma对称性的超包（2x2x2), 楼主怎么也建不出来，有没有人建过这样的POSCAR？
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1楼 2015-06-03 17:03:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-03 19:17:21
pnma对称性最小原包是20颗原子，如下：
Pnma
   1.00000000000000
     5.2182765644714983    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    7.3366593204441619    0.0000000000000 ...

弄到MS里，定义好空间群，输入坐标，先构造出晶胞，在扩展一下就可以了，完事儿后，生成个cell文件，再把坐标读出来。如果不嫌麻烦，自己写个小程序转换一下也行
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4楼2015-06-03 19:26:09
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hakuna

木虫 (知名作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-03 23:03:41
关键点就是这个坐标，怎么转？求帮忙
...

打开MS，随便建个工程文件，右键工程文件名，建一个3D Atomistic.xsd，选择Build-->crystal-->指定空间群pmna，确认退出。
重新打开Build-->Add atoms，添加原子坐标，完成后确认退出。
再打开Build-->symmetry-->supercell定义你要的超胞大小，确认退出；
选择Modules-->calculations-->Files--->Save files-->no(不要转换成高对称！)，保存后会生成几个文件，找到.cell的那个，里面就是你要的超胞参数和原子坐标。
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7楼2015-06-04 09:35:26
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普通回帖

hakuna

木虫 (知名作家)
知道对称性，还需要知道原子的位置坐标才可以
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2楼2015-06-03 18:08:08
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 18:08:08
知道对称性，还需要知道原子的位置坐标才可以

pnma对称性最小原包是20颗原子，如下：
Pnma
   1.00000000000000
     5.2182765644714983    0.0000000000000000    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    7.3366593204441619    0.0000000000000000
     0.0000000000000000    0.0000000000000000    5.1730459731415745
   Ca   Mn   O
     4     4    12
Direct
  0.9580561300414441  0.2500000000000000  0.0080950960542203
  0.4580561300414512  0.2500000000000000  0.4919049039457797
  0.0419438699585488  0.7500000000000000  0.9919049039457797
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  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000
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3楼2015-06-03 19:17:21
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 19:26:09
弄到MS里，定义好空间群，输入坐标，先构造出晶胞，在扩展一下就可以了，完事儿后，生成个cell文件，再把坐标读出来。如果不嫌麻烦，自己写个小程序转换一下也行...

您说的，没错！现在这个我实在是。。。
以最简单的cubic为参考，最简单的pnma是一种类似于根号2*根号2*2的结构(20颗原子)。我现在想得到2*2*2的结构(40颗原子)。还可以这么做吗？

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5楼2015-06-03 23:02:13
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-03 19:26:09
弄到MS里，定义好空间群，输入坐标，先构造出晶胞，在扩展一下就可以了，完事儿后，生成个cell文件，再把坐标读出来。如果不嫌麻烦，自己写个小程序转换一下也行...

关键点就是这个坐标，怎么转？求帮忙

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6楼2015-06-03 23:03:41
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djh434325996

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hakuna at 2015-06-04 09:35:26
打开MS，随便建个工程文件，右键工程文件名，建一个3D Atomistic.xsd，选择Build-->crystal-->指定空间群pmna，确认退出。
重新打开Build-->Add atoms，添加原子坐标，完成后确认退出。
再打开Build--& ...

cubic的可以扩成可以扩成根号2*根号2*2的结构吗？
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8楼2015-06-04 11:58:54
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hakuna

木虫 (知名作家)
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8楼: Originally posted by djh434325996 at 2015-06-04 11:58:54
cubic的可以扩成可以扩成根号2*根号2*2的结构吗？...

构造超胞时，定义一下u,v的取向试试看
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9楼2015-06-04 12:08:51
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xhzha

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
djh434325996: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-06-04 16:14:52
格式转换可通过MS和VESTA俩个软件实现格式转换，共同的格式是有.cell,.cif格式。用MS扩胞后,导出超胞.cif格式，用vesta打开，再导出.vasp格式，及POSCAR格式。关于sqrt(2)超胞你可以在更大的超胞上裁取，保证裁取的俩端具有周期性，MS中是容易做到的。
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10楼2015-06-04 14:43:45
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