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harveyguy

新虫 (初入文坛)

[交流] 急!表达序列标签(EST)

对cDNA 5’或3’端进行有限序列的单向测序 即可获得5’-EST和3’-EST,3’端可以通过oligo(dT)引物,重新合成5’至3’的DNA链,进行测序,而对于5’端怎么测序?DNA的合成方向不是5’至3’吗?
mRNA通过构建文库后是双链cDNA,测序后又是怎么知道哪个EST与原来的mRNA相同的?请求大侠的解答,疑惑很久了,感激不尽!
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xmcliulei

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我不知道朋友你要测得cDNA具体长度是多少,如果序列不长且3‘端具有polyA结构的话,可以基于3’的oligo dT直接测通,如果sanger测序不能在一个反应测通,也可以在已经测通的序列的基础上设计引物继续往前测知道测通。

第二个问题,转录组文库构建是具有链特异性的,最终测得的序列即为mRNA序列。
2楼2015-06-01 23:49:35
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