应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请问有人使用过packmol吗？能否给看一下这个问题要怎么解决呢？急求！！！
51/1返回列表
查看: 2095  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

白玉浴血

木虫 (正式写手)

[求助] 请问有人使用过packmol吗？能否给看一下这个问题要怎么解决呢？急求！！！ 已有1人参与

Restraint-only function value:    24244.7965544659     
  ERROR: Packmol was unable to put the molecules
         in the desired regions even without
         considering distance tolerances.
         Probably there is something wrong with
         the constraints, since it seems that
         the molecules cannot satisfy them at
         at all.
         Please check the spatial constraints and
         try again.
  >The maximum number of cycles (         200 ) was achieved.
   You may try increasing it with the nloop keyword, as in: nloop 1000
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-05-29 10:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

玖月之殇

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

这个是分子定位不合理的缘故，就是分子本身有20A 你定义的连个原子间距是18A 那他就是错的了，可以尝试着改下，不可能你选定一个距离他就是对的
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-07 10:20:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

对天空说lrj

金虫 (正式写手)
tolerance改一下试试？
赞一下 回复此楼
我若盛开，蝴蝶自来
2楼2015-05-29 10:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试？

请问这个要在什么地方修改呢

# Double layered vesicle with water inside and outside
#

tolerance 2.0

structure DRGNOH-SDS.PDB
  number 74
  atoms 1
    inside sphere 0. 0. 0. 28.
  end atoms
  atoms 7
    outside sphere 0. 0. 0. 36.
  end atoms
end structure

output outerSDS-2.pdb
赞一下 回复此楼
3楼2015-05-29 10:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试？

我改到1000也是这样
赞一下 回复此楼
4楼2015-05-29 10:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:58 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:47 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 01:36 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:36 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 5/250 2026-08-30 00:52 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 00:41 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-29 22:27 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 面上意见出来了 +8 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 16/800 2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭