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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请问有人使用过packmol吗？能否给看一下这个问题要怎么解决呢？急求！！！
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白玉浴血

木虫 (正式写手)

[求助] 请问有人使用过packmol吗？能否给看一下这个问题要怎么解决呢？急求！！！ 已有1人参与

Restraint-only function value:    24244.7965544659     
  ERROR: Packmol was unable to put the molecules
         in the desired regions even without
         considering distance tolerances.
         Probably there is something wrong with
         the constraints, since it seems that
         the molecules cannot satisfy them at
         at all.
         Please check the spatial constraints and
         try again.
  >The maximum number of cycles (         200 ) was achieved.
   You may try increasing it with the nloop keyword, as in: nloop 1000
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1楼 2015-05-29 10:33:58
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试？

我改到1000也是这样
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4楼2015-05-29 10:52:05
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对天空说lrj

金虫 (正式写手)
tolerance改一下试试？
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我若盛开，蝴蝶自来
2楼2015-05-29 10:38:31
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白玉浴血

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试？

请问这个要在什么地方修改呢

# Double layered vesicle with water inside and outside
#

tolerance 2.0

structure DRGNOH-SDS.PDB
  number 74
  atoms 1
    inside sphere 0. 0. 0. 28.
  end atoms
  atoms 7
    outside sphere 0. 0. 0. 36.
  end atoms
end structure

output outerSDS-2.pdb
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3楼2015-05-29 10:48:59
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玖月之殇

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

这个是分子定位不合理的缘故，就是分子本身有20A 你定义的连个原子间距是18A 那他就是错的了，可以尝试着改下，不可能你选定一个距离他就是对的
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-07 10:20:24
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