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白玉浴血

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[求助] 请问有人使用过packmol吗？能否给看一下这个问题要怎么解决呢？急求！！！已有1人参与

Restraint-only function value: 24244.7965544659
  ERROR: Packmol was unable to put the molecules
      in the desired regions even without
      considering distance tolerances.
      Probably there is something wrong with
      the constraints, since it seems that
      the molecules cannot satisfy them at
      at all.
      Please check the spatial constraints and
      try again.
  >The maximum number of cycles (       200 ) was achieved.
You may try increasing it with the nloop keyword, as in: nloop 1000

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packmol如何构建初始结构供dl_poly使用？已经有9人回复

1楼 2015-05-29 10:33:58

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对天空说lrj

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tolerance改一下试试？

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我若盛开，蝴蝶自来

2楼2015-05-29 10:38:31

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白玉浴血

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试？

请问这个要在什么地方修改呢

# Double layered vesicle with water inside and outside
#

tolerance 2.0

structure DRGNOH-SDS.PDB
  number 74
  atoms 1
inside sphere 0. 0. 0. 28.
  end atoms
  atoms 7
outside sphere 0. 0. 0. 36.
  end atoms
end structure

output outerSDS-2.pdb

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3楼2015-05-29 10:48:59

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