24小时热门版块排行榜

返回列表

白玉浴血

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2513.6
散金: 102
红花: 8
帖子: 838
在线: 243.2小时
虫号: 2684358
注册: 2013-09-27
性别: MM
专业: 高分子组装与超分子结构

[求助] 请问有人使用过packmol吗？能否给看一下这个问题要怎么解决呢？急求！！！已有1人参与

Restraint-only function value: 24244.7965544659
  ERROR: Packmol was unable to put the molecules
      in the desired regions even without
      considering distance tolerances.
      Probably there is something wrong with
      the constraints, since it seems that
      the molecules cannot satisfy them at
      at all.
      Please check the spatial constraints and
      try again.
  >The maximum number of cycles (       200 ) was achieved.
You may try increasing it with the nloop keyword, as in: nloop 1000

回复此楼

» 猜你喜欢

基金申报已经有5人回复
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？已经有7人回复
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？已经有17人回复
纳米粒子粒径的测量已经有8人回复
疑惑？已经有5人回复
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂已经有5人回复
Materials Today Chemistry审稿周期已经有5人回复
溴的反应液脱色已经有7人回复
推荐一本书已经有12人回复
常年博士招收(双一流，工科) 已经有4人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

packmol如何构建初始结构供dl_poly使用？已经有9人回复

1楼 2015-05-29 10:33:58

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

金虫 (正式写手)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 1051.3
散金: 97
红花: 1
帖子: 383
在线: 182.3小时
虫号: 1466527
注册: 2011-10-29
性别: MM
专业: 化学反应工程

tolerance改一下试试？

赞一下

回复此楼

我若盛开，蝴蝶自来

2楼2015-05-29 10:38:31

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

白玉浴血

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2513.6
散金: 102
红花: 8
帖子: 838
在线: 243.2小时
虫号: 2684358
注册: 2013-09-27
性别: MM
专业: 高分子组装与超分子结构

引用回帖:

2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试？

请问这个要在什么地方修改呢

# Double layered vesicle with water inside and outside
#

tolerance 2.0

structure DRGNOH-SDS.PDB
  number 74
  atoms 1
inside sphere 0. 0. 0. 28.
  end atoms
  atoms 7
outside sphere 0. 0. 0. 36.
  end atoms
end structure

output outerSDS-2.pdb

赞一下

回复此楼

3楼2015-05-29 10:48:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖