24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1909  |  回复: 4

白玉浴血

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 请问有人使用过packmol吗?能否给看一下这个问题要怎么解决呢?急求!!! 已有1人参与

Restraint-only function value:    24244.7965544659     
  ERROR: Packmol was unable to put the molecules
         in the desired regions even without
         considering distance tolerances.
         Probably there is something wrong with
         the constraints, since it seems that
         the molecules cannot satisfy them at
         at all.
         Please check the spatial constraints and
         try again.
  >The maximum number of cycles (         200 ) was achieved.
   You may try increasing it with the nloop keyword, as in: nloop 1000
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

对天空说lrj

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

tolerance改一下试试?
我若盛开,蝴蝶自来
2楼2015-05-29 10:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白玉浴血

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试?

请问这个要在什么地方修改呢

# Double layered vesicle with water inside and outside
#

tolerance 2.0

structure DRGNOH-SDS.PDB
  number 74
  atoms 1
    inside sphere 0. 0. 0. 28.
  end atoms
  atoms 7
    outside sphere 0. 0. 0. 36.
  end atoms
end structure

output outerSDS-2.pdb
3楼2015-05-29 10:48:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白玉浴血

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by 对天空说lrj at 2015-05-29 10:38:31
tolerance改一下试试?

我改到1000也是这样
4楼2015-05-29 10:52:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

玖月之殇

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

这个是分子定位不合理的缘故,就是分子本身有20A 你定义的连个原子间距是18A 那他就是错的了,可以尝试着改下,不可能你选定一个距离他就是对的
5楼2015-08-07 10:20:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 白玉浴血 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专业调剂 +3 啦啦啦哭 2026-03-31 3/150 2026-04-01 01:27 by 小懒虫不懒了
[考研] 309求调剂 +5 gajsj 2026-03-25 6/300 2026-03-31 21:12 by yuq
[硕博家园] 求调剂 有机化学考研356分 +11 Nadiums 2026-03-25 12/600 2026-03-31 18:24 by oooqiao
[考研] 考研生物与医药调剂 +6 铁憨憨123425 2026-03-31 6/300 2026-03-31 17:48 by 544594351
[考研] 调剂310 +13 温柔的晚安 2026-03-25 14/700 2026-03-31 13:03 by 记事本2026
[考研] 266分,求材料相关专业调剂 +10 哇呼哼呼哼 2026-03-30 12/600 2026-03-31 11:00 by 熊一刀
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
[考研] 085600,专业课化工原理,320分求调剂 +6 大馋小子 2026-03-29 6/300 2026-03-31 10:03 by 氯化亚硝酰
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
[考研] 085701环境工程求调剂 +11 多久上课 2026-03-27 12/600 2026-03-30 21:21 by 研究僧导导
[考研] 297 地理学070500 复试求调剂 +3 小圆圈圈ooo 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:05 by 余震yz
[考研] 材料化工340求调剂 +3 jhx777 2026-03-30 3/150 2026-03-30 17:54 by JourneyLucky
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 0856,材料与化工321分求调剂 +12 大馋小子 2026-03-27 13/650 2026-03-28 10:56 by self2008
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 0703化学338求调剂! +6 Zuhui0306 2026-03-26 7/350 2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培 +5 YangTyu1 2026-03-26 5/250 2026-03-26 18:27 by 猫咪猫咪呀
[考研] 085602化学工程求调剂。 +4 平乐乐乐 2026-03-26 4/200 2026-03-26 17:57 by fmesaito
[考研] 296求调剂 +4 汪!?! 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪!?!
[考研] 347求调剂 +4 L when 2026-03-25 4/200 2026-03-25 13:37 by cocolv
信息提示
请填处理意见