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lj900911

新虫 (初入文坛)

[求助] gaussian 09 做刚性扫描 scan 问题求助已有2人参与

我想做两个分子体系的刚性扫描，如图，扫描第6号C和50号氧的键长。可是下面坐标里没有标出这个键，请问我该怎么输入？如果按照opt=modredundant那样的输入，例如5 60 1.4 S 10 0.2 ，只进行一步就结束了。 求大神指教

C              
H                  1            B1
H                  1            B2    2            A1
H                  1            B3    2            A2    3            D1    0
C                  1            B4    2            A3    4            D2    0
C                  5            B5    1            A4    2            D3    0
H                  6            B6    5            A5    1            D4    0
C                  6            B7    5            A6    1            D5    0
H                  8            B8    6            A7    5            D6    0
H                  8            B9    6            A8    5            D7    0
C                  8           B10    6            A9    5            D8    0
H                 11           B11    8           A10    6            D9    0
H                 11           B12    8           A11    6           D10    0
C                 11           B13    8           A12    6           D11    0
H                 14           B14   11           A13    8           D12    0
H                 14           B15   11           A14    8           D13    0
C                  5           B16    1           A15    6           D14    0
H                 17           B17    5           A16    1           D15    0
H                 17           B18    5           A17    1           D16    0
H                 17           B19    5           A18    1           D17    0
C                 11           B20    8           A19    6           D18    0
H                 21           B21   11           A20    8           D19    0
H                 21           B22   11           A21    8           D20    0
H                 21           B23   11           A22    8           D21    0
O                 14           B24   11           A23    8           D22    0
C                 25           B25   14           A24   11           D23    0
C                 26           B26   25           A25   14           D24    0
H                 27           B27   26           A26   25           D25    0
H                 27           B28   26           A27   25           D26    0
H                 27           B29   26           A28   25           D27    0
O                 26           B30   25           A29   14           D28    0
C                 21           B31   11           A30    8           D29    0
H                 32           B32   21           A31   11           D30    0
C                 14           B33   11           A32    8           D31    0
H                 34           B34   14           A33   11           D32    0
H                 34           B35   14           A34   11           D33    0
O                  5           B36    1           A35   17           D34    0
H                 37           B37    5           A36    1           D35    0
C                  6           B38    5           A37    1           D36    0
C                 39           B39    6           A38    5           D37    0
C                 40           B40   39           A39    6           D38    0
C                 41           B41   40           A40   39           D39    0
C                 42           B42   41           A41   40           D40    0
C                 43           B43   42           A42   41           D41    0
H                 40           B44   39           A43    6           D42    0
H                 42           B45   41           A44   40           D43    0
H                 43           B46   42           A45   41           D44    0
O                 44           B47   43           A46   42           D45    0
H                 48           B48   44           A47   43           D46    0
O                 39           B49    6           A48    5           D47    0
C                 41           B50   40           A49   39           D48    0
H                 51           B51   41           A50   40           D49    0
H                 51           B52   41           A51   40           D50    0
C                 51           B53   41           A52   40           D51    0
H                 54           B54   51           A53   41           D52    0
H                 54           B55   51           A54   41           D53    0
O                 54           B56   51           A55   41           D54    0
H                 57           B57   54           A56   51           D55    0

   B1             1.08256091
   B2             1.08595188
   B3             1.08425127
   B4             1.52663062
   B5             1.54298318
   B6             1.08028226
   B7             1.54139954
   B8             1.08426942
   B9             1.08378134
   B10            1.54041887
   B11            1.08923783
   B12            1.08415513
   B13            3.87873192
   B14            1.08236822
   B15            1.07949439
   B16            1.52740665
   B17            1.08294896
   B18            1.08642398
   B19            1.08499521
   B20            2.54524802
   B21            1.08805988
   B22            1.08460282
   B23            1.08435490
   B24            1.42621602
   B25            1.32477952
   B26            1.50414477
   B27            1.08002561
   B28            1.08403663
   B29            1.08392078
   B30            1.19116867
   B31            1.53342465
   B32            1.09011623
   B33            1.51888869
   B34            1.08774007
   B35            1.08607216
   B36            1.41691950
   B37            0.94669071
   B38            2.40705776
   B39            1.39120517
   B40            1.39012360
   B41            1.39350331
   B42            1.38109706
   B43            1.38433831
   B44            1.07559829
   B45            1.07737895
   B46            1.07476471
   B47            1.35754202
   B48            0.94791945
   B49            1.36593780
   B50            1.51587575
   B51            1.08582596
   B52            1.08449640
   B53            1.52686015
   B54            1.08566918
   B55            1.08746110
   B56            1.40510656
   B57            0.94671886
   A1           109.12037246
   A2           108.89499226
   A3           111.32493627
   A4           110.23960694
   A5           105.34430605
   A6           115.94263461
   A7           108.46226751
   A8           110.44210890
   A9           112.97321691
   A10          109.20685919
   A11          109.14464112
   A12          136.77651473
   A13           95.55463071
   A14          106.38316007
   A15          110.40481748
   A16          110.86779760
   A17          111.90787196
   A18          109.55738775
   A19           94.78423351
   A20           93.51154340
   A21           91.02978763
   A22          145.92858439
   A23          128.32134357
   A24          117.12181179
   A25          111.95515151
   A26          109.52493681
   A27          109.76388038
   A28          109.83561430
   A29          123.37227236
   A30           33.98457646
   A31          107.88865508
   A32           21.05701294
   A33          109.42252663
   A34          108.17869499
   A35          104.84593000
   A36          111.09147318
   A37          136.53414798
   A38          130.12530110
   A39          121.27805034
   A40          117.86940468
   A41          121.17154586
   A42          120.11763893
   A43          118.01267926
   A44          119.87615211
   A45          121.24098698
   A46          118.42254845
   A47          110.09450208
   A48           31.67689022
   A49          122.58630559
   A50          110.29501884
   A51          110.75755227
   A52          111.71725816
   A53          110.14440825
   A54          109.91078009
   A55          108.21157359
   A56          110.40234866
   D1           117.13596854
   D2           120.91612495
   D3            64.21421731
   D4            55.09666741
   D5           174.38496703
   D6           110.31763278
   D7            -4.87773041
   D8          -127.50665545
   D9            80.50586542
   D10          -34.94293932
   D11         -147.06446721
   D12           48.70617255
   D13          -61.93898128
   D14         -126.15096178
   D15           62.24237115
   D16         -177.32053632
   D17          -57.65799618
   D18          175.27644619
   D19         -108.63788162
   D20           -0.76043149
   D21          121.95407254
   D22          167.72082064
   D23         -173.59476395
   D24         -179.93644643
   D25          179.44421223
   D26          -59.71670807
   D27           58.48550235
   D28            0.10133177
   D29          128.10735169
   D30         -117.30805075
   D31         -172.07492027
   D32          134.75643727
   D33         -109.21886371
   D34         -119.15948102
   D35          161.89008705
   D36          -58.73729235
   D37          -86.24143083
   D38         -141.87075022
   D39            1.99109084
   D40           -5.05826317
   D41            1.79057650
   D42           37.84812519
   D43          177.06077875
   D44         -176.67800271
   D45         -177.05324620
   D46          151.35693380
   D47           -2.95910519
   D48         -176.84249319
   D49         -125.60799608
   D50           -7.43792189
   D51          114.26376058
   D52           52.40308773
   D53          -66.21654010
   D54          172.74188622
   D55          178.53533209

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5 6 1.0 17 1.0 37 1.0
6 7 1.0 8 1.0 50 1.0
7
8 9 1.0 10 1.0 11 1.0
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gaussian 09 做刚性扫描 scan 问题求助
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1楼2015-05-24 16:04:18
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lj900911 at 2015-05-27 09:23:11
感谢你这么认真的回答，谢谢，我再研究下...

客气，多多交流，共同进步
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
10楼2015-05-27 17:07:57
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普通回帖

youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看手册中SCAN关键词！
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平生多磨砺，男儿自横行！
2楼2015-05-24 19:18:35
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小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看看我在这个帖子的回复。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8756616&fpage=1
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3楼2015-05-24 22:11:01
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lj900911

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-05-24 22:11:01
看看我在这个帖子的回复。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=8756616&fpage=1

可是你那个帖子是柔性扫描啊~~opt=modredundant不是做柔性扫描么？scan是刚性啊~~那个S 是执行放松的势能面扫描不是吗？
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4楼2015-05-25 16:37:18
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lj900911

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by youyno at 2015-05-24 19:18:35
看手册中SCAN关键词！

看了啊，关键是从B1到B57 都没有我要的那个键，我就是不知道那个键应该怎么表示了。因为按照opt=modredundant那样输入，就只进行一步就结束了~~
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5楼2015-05-25 16:38:19
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lj900911 at 2015-05-25 16:37:18
可是你那个帖子是柔性扫描啊~~opt=modredundant不是做柔性扫描么？scan是刚性啊~~那个S 是执行放松的势能面扫描不是吗？...

对，我写的是柔性扫描，假如说柔性扫描的scan你都会用了，刚性扫描的scan不会用？你仔细查阅一下scan的用法。

高斯刚性扫描。只支持内坐标，应该写为： 变量名，初始值，步数，步长。
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lj900911
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
6楼2015-05-26 08:21:41
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lj900911

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-05-26 08:21:41
对，我写的是柔性扫描，假如说柔性扫描的scan你都会用了，刚性扫描的scan不会用？你仔细查阅一下scan的用法。

高斯刚性扫描。只支持内坐标，应该写为： 变量名，初始值，步数，步长。...

嗯嗯，我看了用法了，我的问题就在于那个变量名不知道怎么写~~因为保存的那个内坐标没有标明6 50 这两个原子之间的键的变量名，不知道该怎么办？要自己定义么或者自己改内坐标么？
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7楼2015-05-26 17:07:26
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小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by lj900911 at 2015-05-26 17:07:26
嗯嗯，我看了用法了，我的问题就在于那个变量名不知道怎么写~~因为保存的那个内坐标没有标明6 50 这两个原子之间的键的变量名，不知道该怎么办？要自己定义么或者自己改内坐标么？...

我把文件给你吧，你看看那就会了
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8楼2015-05-27 07:38:37
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lj900911

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-05-27 07:38:37
我把文件给你吧，你看看那就会了...

感谢你这么认真的回答，谢谢，我再研究下
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9楼2015-05-27 09:23:11
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