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zhangtt0530

新虫 (初入文坛)

[求助] DNA shuffling道路漫长痛苦,何时解脱? 已有1人参与

各位,有做过DNA shuffling的请帮我指点指点,经历了痛苦的三个月,实在是看不到希望,不知道什么时候能解脱。
简单介绍下我的实验背景:载体大小为8000bp,目的片段2500bp,7个模板DNA。DNaseI消化回收250-1000bp片段,无引物PCR电泳状态为弥散带,大小范围高于DNaseI消化带范围。酶切位点HindIII/NotI。
我目前遇到的问题有两个
1、有引物PCR扩增不稳定,有时能扩增到目的条带,有时无法扩增到目的条带,扩增效率不稳定
2、shuffled片段与载体无法连接,转化效率低。单一模板用相同酶切位点引物扩增酶切后与载体连接,可以获得90-100%阳性克隆,每次长出20个左右。shuffled片段连接转化有时长几个,PCR均为阴性,阳性率最高能达到20%。我认为与载体无关,问题很可能出在片段上。
求指点迷津。
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yuman0709

铁虫 (初入文坛)

有结果了吗?我也在做DNA  shuffling,有好多问题都不太懂哎,我无引物pcr 都没有条带连弥散的条带都没有,你无引物PCR怎样设计的?我目的基因有1700bp 左右,酶切后回收0-200bp,确切的讲是100左右,对于PCR程序,我只是加大了延伸时间和改变了循环数,退火温度需要改变吗?请求知道一下,不胜感激!
2楼2015-09-12 11:11:57
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pigcarl

新虫 (初入文坛)

楼主你好,我也是刚要开始做shuffling,想问一下无引物PCR的温度是怎么摸出来的
3楼2015-11-06 19:52:15
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小小小小瓶瓶

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我的pcr也和楼主一样,大多数条带弥散的,结果不稳定偶尔p出一次目的条带,p出的条带稀释100,1000倍2次pcr却还是弥散,请问楼主这个问题是怎么解决的!

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小瓶
4楼2015-11-19 01:33:52
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