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coldxzs

铁虫 (初入文坛)

[求助] lammps碳纳米管拉伸in文件报错求助 急

错误提示: domain too large for neighbor bin
还有一个问题之前用的一个deform的fix之后,用vmd显示是一直拉长的,而没有拉断,是不是我还少了点什么?求大神帮忙!
PS:碳的lj势函数参数是epsilon sigma是0.4396 和0.03851吗?如果不是,是什么?
in文件如下
#------------------INITIALIZATION------------------
units                           lj
dimension                       3
atom_style                      atomic
boundary                         s s p

#------------------AYOM DEFINITION------------------
read_data                       data.txt


#------------------FORCE FIELD------------------
#------------------potentials------------------
pair_style                       lj/cut 30
pair_coeff                       * * 0.4396 0.03851
neighbor 0.1 bin
neigh_modify delay 5 check yes
#------------------initial velocities-------------
region         1 block INF INF INF INF INF 3         
group        lower region 1               
region        2 block  INF INF INF INF 17 INF     
group        upper region 2               
group        boundary union lower upper           
group        mobile subtract all boundary         
velocity    lower set 0.0 0.0 0.0    #设置left区域原子初速度为0
velocity    upper set 0.0 0.0 0.3   #设置right区域z方向原子速度为0.3
velocity    mobile ramp vz 0.0 0.3 z 3 17 sum yes
thermo_style multi
thermo 50  
min_style sd                     #能量最小模式   
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 10000        #驰豫
fix   1 lower setforce 0.0 NULL NULL     #固定下边的原子

thermo 200                 #每200步输出一次结果
timestep    0.003                       #时间步长0.003ps
run  5000                 #运行5000步
timestep                          1.0
fix   3 all nve  
fix   4 all temp/rescale 300 1.0 1.0 5 1.0
fix   5 all deform 1000 z erate 0.002 units box  #设置沿z方向拉伸,应变率为0.002(1/ps)
dump 1 all atom 232 dump.lammmpstrj
min_style sd
minimize 1.0e-6 1.0e-6 1000 10000
run 100000
本人小本科生,刚接触lammps,求大神解答!
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我称王带你狂

新虫 (小有名气)

在哪里报错啊,请问你还做这个吗?我也是研究碳纳米管拉伸
2楼2018-07-26 10:36:40
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