| 查看: 1228 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
NAMD中立方水体的生成 已有1人参与
|
||
|
我在做胶原蛋白的立方水体生成时 输入package require solvate 后得到的是1.5 然后输入solvate bkv.psf bkv.pdb –t 5 –o bkv_wb 得不到立方水体的结构图，也得不到wb的psf和pdb文件，显示的是下面这些， Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>... Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>... to just create a water box Info) Options: Info) -o <output prefix> (data will be written to output.psf/output.pdb) Info) -s <segid prefix> (should be either one or two letters; default WT) Info) -b <boundary> (minimum distance between water and solute, default 2.4) Info) -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}} Info) -rotate (rotate molecule to minimize water volume) Info) -rotsel <selection> (selection of atoms to check for rotation) Info) -rotinc <increment> (degree increment for rotation) Info) -t <pad in all directions> (override with any of the following) Info) -x <pad negative x> Info) -y <pad negative y> Info) -z <pad negative z> Info) +x <pad positive x> Info) +y <pad positive y> Info) +z <pad positive z> Info) The following options allow the use of solvent other than water: Info) -spsf <solventpsf> (PSF file for nonstandard solvent) Info) -spdb <solventpdb> (PDB file for nonstandard solvent) Info) -stop <solventtop> (Topology file for nonstandard solvent) Info) -ws <size> (Box length for nonstandard solvent) Info) -ks <keyatom> (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent) 这是什么原因啊？菜鸟急求，各路高手帮帮忙。 |
回复此楼» 猜你喜欢
材料调剂
已经有3人回复
-
085602化学工程268分蹲调剂
已经有3人回复
-
一志愿北交材料工程总分358
已经有6人回复
-
085600，321分求调剂
已经有11人回复
-
博一被送出联培感觉不适应怎么办
已经有3人回复
-
生物学296求调剂
已经有14人回复
-
材料专业求调剂
已经有3人回复
-
环境工程调剂
已经有7人回复
-
材料科学与工程339求调剂
已经有7人回复
-
318求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助NAMD模拟后的结果如何处理
已经有10人回复
- 我们课题组招聘，MD 模拟方面——最好精于NAMD gromacs 做生物分子模拟
已经有55人回复
- 对未知野生质粒如何确定它是否带抗性基因
已经有4人回复
- 怎么断定一个水体是几类水体
已经有8人回复
- 【求助】NAMD求助
已经有10人回复
- 【求助】NAMD: water box时，立方水体的边界该怎样确定？先谢了
已经有4人回复
- 【求助】如何求水分子半径
已经有3人回复
素君~~~
超级版主
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 302.1
- 散金: 50
- 红花: 3
- 帖子: 195
- 在线: 28.2小时
- 虫号: 2409094
- 注册: 2013-04-09
- 性别: MM
- 专业: 药物设计与药物信息
4楼2015-06-10 21:59:50
素君~~~
管理员
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 302.1
- 散金: 50
- 红花: 3
- 帖子: 195
- 在线: 28.2小时
- 虫号: 2409094
- 注册: 2013-04-09
- 性别: MM
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2015-06-09 17:13:05
3楼2015-06-10 15:08:04
5楼2015-06-11 10:27:06
