应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 小白求助过渡态，一直出现错误
81/1返回列表
查看: 1242  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

头狼2013

金虫 (正式写手)

[求助] 小白求助过渡态，一直出现错误已有2人参与

这是我的输入文件，大神们给看看。。。
内坐标是通过chem 3D导出来的。。。

%chk=reaction.chk
# opt=(calcall,tight,rfo,qst2) freq=roa ub3lyp/6-31+g nosymm guess=mix
scf=qc geom=connectivity

Title Card Required

  0 1
  19
  21   1   6.07909
   6   2   0.79957   1   13.8855
  19   3   5.47629   2  145.8545   1  177.1503   0
  21   4   4.97246   1   86.5954   2   29.2457   0
   6   5   0.80005   1   69.3673   2  -18.4853   0
  21   6   7.30851   5   64.2374   1   -4.9580   0
   6   7   0.79977   1  106.9357   2   73.9248   0
  21   8   7.11878   7   63.4974   1    6.8855   0
   6   9   0.79972   1   35.4627   2    2.6953   0
  21  10   4.14464   9  117.3069   1   89.5823   0
   6  11   0.79972   1  103.2992   2   49.0547   0
  21  12   4.89728  11   60.5811   1   29.2176   0
   6  13   0.80044   1   35.5531   2 -165.5757   0
  21  14   5.07666  13   46.8860   1   41.3602   0
   6  15   0.79919   1   32.7619   2  -44.2953   0
  21  16   6.94764  15   81.4456   1   47.1627   0
   6  17   0.79919   1   48.7357   2   50.9120   0
  21  18   6.15036  17  140.8319   1   17.5102   0
   6  19   0.80073   1   35.4752   2  -75.0617   0
  19  20   3.07920  19  152.8585   1  118.2451   0
  21  21   4.52970   1  120.6517   2   50.3408   0
   6  22   0.80033   1   26.9011   2   41.2147   0
  19  23   6.22300  22  107.1181   1   25.5454   0
  21  24   4.97351   1  112.0802   2   12.2657   0
   6  25   0.79919   1   86.0345   2  -84.8424   0
   6  26   7.66166  25   97.9478   1    6.0465   0
  21  27   4.99228   1  165.6253   2  169.1207   0
   6  28   0.79972   1   53.3191   2 -109.2588   0
   6  29   7.91114  28  101.4529   1  -22.5628   0
  21  30   0.79929   1  106.1079   2  125.6298   0
  19  30   6.05232  31  114.4941   1   61.0877   0
  19  32   2.89248   1   53.6849   2 -129.2497   0
   6  33   1.60625   1   73.8101   2   53.1864   0
  21  34   5.20358   1   92.5188   2 -161.5802   0
   6  35   0.80004   1   53.4179   2 -121.6447   0
   6  36   9.13400  35  117.8707   1   35.7452   0
  21  37   0.80092   1  122.6110   2  -93.4688   0
   6  37   2.57489  38  152.8092   1  -55.0398   0
   6  39   4.56800   1   65.9559   2  137.0695   0
  21  40   5.20359   1   54.3055   2   34.8145   0
   6  41   0.79972   1  119.8405   2  -57.6617   0
  19  42   3.83944  41  106.4172   1   40.6301   0
   6  43   5.96053   1   90.3846   2  130.2536   0
  21  44   0.79972   1  174.4628   2   26.3588   0
  21  44   6.29472  45  118.4337   1  -34.7466   0
   6  46   0.80044   1   61.7555   2  -61.0826   0
   6  47   6.87484  46  147.2925   1    1.9641   0
  19  48   5.30714   1   93.3612   2   86.2571   0
   6  49   1.60605   1   32.6880   2   25.8267   0
   

    2    1   
    4    3
    5    4
    7    6
    9    8
   11   10
   13   12
   15   14
   17   16
   19   18
   21   20
   22   21
   24   23
   25   24
   27   26
   28   27
   30   29
   32   30
   33   32
   34   33
   35   34
   37   36
   39   37
   40   39
   41   40
   43   42
   44   43
   46   44
   48   47
   49   48
   50   49


Title Card Required

0 1
19
   6   1   1.58901
   6   1   1.52939   2  114.1004
  21   2   0.80008   1  127.9672   3  -96.3913   0
  21   3   0.80036   1  134.1492   2  -81.6092   0
  21   3   1.65205   1  112.9998   5   87.2020  -1
   6   6   0.80005   1   69.5335   2  112.8842   0
  19   7   1.45991   6  130.0630   1  158.2088   0
  21   8   5.67459   7   28.5257   6 -129.1858   0
   6   9   0.79972   1   36.2895   2 -164.2943   0
  21  10   4.14411   9  117.3087   1   90.0634   0
   6  11   0.79984   1  103.5393   2 -123.4053   0
  19  12   1.62340  11  127.8251   1   68.8778   0
  19  13   5.39601   1   52.8343   2 -142.1902   0
  21  14   6.99589   1   49.3798   2   62.6389   0
   6  15   0.79919   1   33.0824   2  135.1359   0
  21  16   6.62151  15   95.1935   1   60.9746   0
   6  17   0.79919   1   62.1471   2 -152.4869   0
  21  18   4.66888  17  120.3926   1  -91.2531   0
   6  19   0.79988   1   74.5906   2  147.2657   0
  19  20   1.59870  19  128.3774   1   -4.2806   0
  21  21   3.30355  20   49.5285  19   98.2536   0
   6  22   0.80033   1   40.8647   2 -178.2087   0
  19  23   4.25805  22   66.1845   1    7.3554   0
  21  24   2.20302   1  114.1068   2  -95.0503   0
   6  25   0.80008   1   84.5931   2   80.5537   0
   6  26   7.42910  25  100.0972   1    3.3100   0
  21  27   4.98853   1  170.3286   2   39.4708   0
   6  28   0.79984   1   53.3883   2   69.2106   0
  21  29   4.73719  28   88.0298   1  -15.4278   0
   6  30   0.80017   1  109.1836   2 -107.8852   0
   6  31   6.57472  30   81.9654   1  -66.7777   0
  21  32   0.80036   1  167.5370   2  178.3738   0
   6  32   3.18629  33  117.6119   1  -50.2249   0
  21  34   5.21356   1   65.5160   2    0.8253   0
   6  35   0.80004   1   40.9416   2   57.0417   0
   6  36   7.75034  35  121.7848   1   56.6680   0
  21  37   0.79969   1  123.6568   2   82.5222   0
   6  37   2.52957  38  153.5770   1  -63.8448   0
   6  39   3.06170   1   65.7470   2  -76.4071   0
  21  40   5.14026   1   84.7349   2 -163.8726   0
   6  41   0.79972   1  116.8304   2  126.7461   0
  19  42   6.15811  41   82.8803   1    4.6721   0
  21  43   7.06552   1   94.8478   2 -145.6072   0
   6  44   0.80008   1   64.1449   2  114.1327   0
  19  45   1.61584  44  127.6245   1   47.4150   0
   6  46   3.14801   1   67.0457   2   50.8366   0
   6  47   4.61972   1   42.6148   2   65.3000   0
   6  48   5.40396   1  114.3091   2 -130.3901   0
  21  49   0.79972   1  167.8283   2  -28.7566   0
   

    6        3   
    9    8
   11   10
   13   12
   14   13
   15   14
   17   16
   19   18
   22   21
   24   23
   25   24
   27   26
   28   27
   30   29
   32   31
   34   32
   35   34
   37   36
   39   37
   40   39
   41   40
   43   42
   44   43
   46   45
   47   46
   48   47
   49   48


然后是输出文件：
6                    47    6.87484  46    147.2925  1     1.9641   0
19                   48    5.30714  1     93.3612  2     86.2571  0
6                    49    1.60605  1     32.688   2     25.8267  0

  WANTED A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.
  FOUND AN END-OF-LINE FOR INPUT.
     2    1                                                                     
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                                 
                                                                 
           ?
Error termination via Lnk1e in /home/orca/g09/l101.exe at Thu May  7 19:22:37 2015.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


这是神马情况呢？该如何修改？
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : reaction.gjf
    • 2015-05-07 11:28:48, 5.78 K
  • 附件 2 : reaction.log
    • 2015-05-07 11:28:48, 9.38 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2015-05-07 11:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

头狼2013

金虫 (正式写手)
求救啊。。。
金币还可以再追加。。。
赞一下 回复此楼
2楼2015-05-07 11:29:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小范范1989

木虫 (著名写手)
WANTED A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.

要你输入的是浮点数 就算是整数也要加小数点的

ps不知道正确不正确，你试试
赞一下 回复此楼
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
3楼2015-05-07 15:06:27
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2, 谢谢交流 2015-05-07 18:43:42
gmy1990: 金币+2, 谢谢交流 2015-05-07 18:44:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-05-07 15:06:27
WANTED A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.

要你输入的是浮点数 就算是整数也要加小数点的

ps不知道正确不正确，你试试

不是。都是那个倒霉的链接关系表在捣乱。qst2要读两个分子坐标，但当程序试图读第二个坐标时，读到的却是链接关系表。所以出错了。唉，就没有人说过，量化计算不要写那个倒霉的链接关系表么？毫无用处，还到处惹麻烦。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2015-05-07 15:12:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangmt at 2015-05-07 15:12:56
不是。都是那个倒霉的链接关系表在捣乱。qst2要读两个分子坐标，但当程序试图读第二个坐标时，读到的却是链接关系表。所以出错了。唉，就没有人说过，量化计算不要写那个倒霉的链接关系表么？毫无用处，还到处惹麻 ...

何况，qst2.qst3需要原子一一对应。楼主的输入文件显然是第一次做啊。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(2人) 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
5楼2015-05-07 15:17:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
头狼2013: 金币+10, ★有帮助 2015-05-11 16:13:31
请去掉geom=connectivity和下面对应的描述部分。
以后用GV生成输入文件时请养成进入文件删掉geom=connectivity部分的好习惯，很多错误就不会发生了。
另外LS说得很对，LZ的反应物和产物顺序也不对应。
建议LZ在做之前好好读一读高斯手册中相关部分的说明。
赞一下 回复此楼
6楼2015-05-08 09:18:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

头狼2013

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-05-08 09:18:24
请去掉geom=connectivity和下面对应的描述部分。
以后用GV生成输入文件时请养成进入文件删掉geom=connectivity部分的好习惯，很多错误就不会发生了。
另外LS说得很对，LZ的反应物和产物顺序也不对应。
建议LZ在做 ...

这两天我又自己试着搞了很多次，可是还没有调通，经常出现9999错误。查看了Nstep=120.再修改gjf文件成这样：
# opt=(qst2,noeigen,tight) freq b3lyp/6-31g nosymm scf(maxcyc=1000)geom=connectivity
还是出现同样的错误，Nstp还是120.我该怎么调呢？

PS，我把geom=connectivity删除后就跑不通，出现1101错误，不得已加了这个。
再ps，我纯小白，就是为了发文章需要计算一下过渡态，其他不深入研究，马上就是毕业找工作了，老板给了半个月的时间搞文章。
赞一下 回复此楼
7楼2015-05-12 11:30:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 头狼2013 at 2015-05-12 11:30:12
这两天我又自己试着搞了很多次，可是还没有调通，经常出现9999错误。查看了Nstep=120.再修改gjf文件成这样：
# opt=(qst2,noeigen,tight) freq b3lyp/6-31g nosymm scf(maxcyc=1000)geom=connectivity
还是出现同 ...

出现link9999错误需要看一下势能曲线再决定怎么解决。
你不仅需要去掉geom=connectivity，还需要去掉下面相应的描述成键的部分
赞一下 回复此楼
8楼2015-05-12 15:13:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 头狼2013 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭