24小时热门版块排行榜    

查看: 972  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[求助] NiO 单胞坐标以及NiO(111)面的建立-siesta或者高斯

没有material statio, 所以求助

高斯或者siesta中NiO单胞 的写法, 以及NiO(111) 的建立方法。

单胞的写法, 以siesta为例, 我时这样写的:

(以下坐标优化出来的的lattice vector 是错的,求助正确写法 )

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的:
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

非常感谢,我最开始是用这个做的,但是输出文件里总是显示 原子间距离太近....
这个是我以前的输入坐标

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                0.00000000    2.08500000    2.08500000 1
                2.08500000    0.00000000    2.08500000 1
                2.08500000    2.08500000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
                2.08500000    0.00000000    0.00000000 2
                0.00000000    2.08000000    0.00000000 2
                0.00000000    0.00000000    2.08000000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors


电脑全部mac,装不了MS,而且破解版的不敢轻易装,被学校抓到就死翘翘了
4楼2015-05-07 15:35:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

看起来应该是这样的:
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905         1
     2.084199905         0.000000000         2.084199905         1
     2.084199905         2.084199905         0.000000000         1
     2.084199905         2.084199905         2.084199905         2
     2.084199905         0.000000000         0.000000000         2
     0.000000000         2.084199905         0.000000000         2
     0.000000000         0.000000000         2.084199905         2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
应该是晶格内原子的坐标错了。

我这人比较懒,可以这样:
从MS导出cif(其他途径得到cif也行),然后通过VESTA程序转换为vasp的格式(笛卡尔坐标),之后把坐标拷贝过来按照元素顺序加上编号即可。表面模型也是如此建立,当然借助MS简单的多,可以找个破解版建模使用而已。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-05-07 14:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的:
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

非常感谢,我最开始是用这个做的,但是输出文件里总是显示 原子间距离太近....
这个是我以前的输入坐标

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                0.00000000    2.08500000    2.08500000 1
                2.08500000    0.00000000    2.08500000 1
                2.08500000    2.08500000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
                2.08500000    0.00000000    0.00000000 2
                0.00000000    2.08000000    0.00000000 2
                0.00000000    0.00000000    2.08000000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors


电脑全部mac,装不了MS,而且破解版的不敢轻易装,被学校抓到就死翘翘了
3楼2015-05-07 15:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的:
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

找到错误了,没有用笛卡尔坐标 “AtomicCoordinatesFormat Fragament”
5楼2015-05-07 16:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见