应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » NiO 单胞坐标以及NiO(111)面的建立－siesta或者高斯
71/1返回列表
查看: 1024  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[求助] NiO 单胞坐标以及NiO(111)面的建立－siesta或者高斯

没有material statio， 所以求助

高斯或者siesta中NiO单胞 的写法， 以及NiO(111) 的建立方法。

单胞的写法， 以siesta为例， 我时这样写的:

(以下坐标优化出来的的lattice vector 是错的，求助正确写法 )

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-05-07 08:20:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905         1
     2.084199905         0.000000000         2.084199905         1
     2.084199905         2.084199905         0.000000000         1
     2.084199905         2.084199905         2.084199905         2
     2.084199905         0.000000000         0.000000000         2
     0.000000000         2.084199905         0.000000000         2
     0.000000000         0.000000000         2.084199905         2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
应该是晶格内原子的坐标错了。

我这人比较懒，可以这样：
从MS导出cif（其他途径得到cif也行），然后通过VESTA程序转换为vasp的格式（笛卡尔坐标），之后把坐标拷贝过来按照元素顺序加上编号即可。表面模型也是如此建立，当然借助MS简单的多，可以找个破解版建模使用而已。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-05-07 14:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

非常感谢，我最开始是用这个做的，但是输出文件里总是显示 原子间距离太近....
这个是我以前的输入坐标

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                0.00000000    2.08500000    2.08500000 1
                2.08500000    0.00000000    2.08500000 1
                2.08500000    2.08500000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
                2.08500000    0.00000000    0.00000000 2
                0.00000000    2.08000000    0.00000000 2
                0.00000000    0.00000000    2.08000000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors


电脑全部mac，装不了MS，而且破解版的不敢轻易装，被学校抓到就死翘翘了
赞一下 回复此楼
3楼2015-05-07 15:35:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

非常感谢，我最开始是用这个做的，但是输出文件里总是显示 原子间距离太近....
这个是我以前的输入坐标

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                0.00000000    2.08500000    2.08500000 1
                2.08500000    0.00000000    2.08500000 1
                2.08500000    2.08500000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
                2.08500000    0.00000000    0.00000000 2
                0.00000000    2.08000000    0.00000000 2
                0.00000000    0.00000000    2.08000000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors


电脑全部mac，装不了MS，而且破解版的不敢轻易装，被学校抓到就死翘翘了
赞一下 回复此楼
4楼2015-05-07 15:35:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

找到错误了，没有用笛卡尔坐标 “AtomicCoordinatesFormat Fragament”
赞一下 回复此楼
5楼2015-05-07 16:29:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by minmin_0082003 at 2015-05-07 16:29:19
找到错误了，没有用笛卡尔坐标 “AtomicCoordinatesFormat Fragament”...

AtomicCoordinatesFormat Fractional
然后写分数坐标，用VESTA导出坐标的时候选择Fractional的坐标，直接贴到这边。对于Ang模式我也不是很熟悉。

哦，学校查这么严估计是在国外。你可以去网上找cif的格式，然后再VETSA导出（VESTA是免费的）。至于表面，我建议最好还是找个MS的破解版自己电脑上安装，如果自己电脑也是Mac的只好考虑用虚拟机了，这应该是建立表面最简单的途径。

Mac上用gfortran编译出来的SIETSA并行效率似乎比较低，而且Mac下面编译出来计算没问题的程序大概现在看下来只有PWscf和SIESTA。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
6楼2015-05-07 17:18:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by minmin_0082003 at 2015-05-07 16:29:19
找到错误了，没有用笛卡尔坐标 “AtomicCoordinatesFormat Fragament”...

你应该是少了AtomicCoordinatesFormat Ang
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
7楼2015-05-07 17:27:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 minmin_0082003 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗 +7 否极泰来2026 2026-04-15 9/450 2026-04-16 13:40 by liumingli7817
[基金申请] RY：中国产出的科学垃圾论文，绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 求调剂 +22 MAX怅惘 2026-04-09 24/1200 2026-04-16 10:34 by Espannnnnol
[考研] 药学求调剂 +14 喽哈加油 2026-04-14 16/800 2026-04-16 10:15 by beilsong20
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +4 白云123456789 2026-04-13 4/200 2026-04-16 00:18 by 粉沁若尘
[考研] 335求调剂 +19 想上岸呀！！ 2026-04-12 21/1050 2026-04-14 16:23 by Art1977
[考研] 材料专业344求调剂 +17 hualkop 2026-04-10 22/1100 2026-04-14 16:21 by sxdj2
[考研] 071000生物学调剂求助 +18 zzzzwww 2026-04-09 21/1050 2026-04-14 15:39 by zs92450
[考研] 305求调剂 +8 玛卡巴卡boom 2026-04-11 8/400 2026-04-14 09:04 by pengliang8036
[考研] 302求调剂 +10 易！? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[教师之家] 山东双非院校考核超级无底线，领导幸灾乐祸，教师遭殃恐 +3 qut2026 2026-04-11 7/350 2026-04-12 20:24 by qut2026
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-11 8/400 2026-04-12 09:32 by 逆水乘风
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 311求调剂 +13 xyp想读书 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:41 by 猪会飞
[考研] 368求调剂 +3 17385968172 2026-04-10 3/150 2026-04-10 20:12 by 电子奥德彪
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 301求调剂 +5 149. 2026-04-10 5/250 2026-04-10 15:45 by 柴小白
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 13/650 2026-04-10 10:27 by liuhuiying09
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭