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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » NiO 单胞坐标以及NiO(111)面的建立－siesta或者高斯
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[求助] NiO 单胞坐标以及NiO(111)面的建立－siesta或者高斯

没有material statio， 所以求助

高斯或者siesta中NiO单胞 的写法， 以及NiO(111) 的建立方法。

单胞的写法， 以siesta为例， 我时这样写的:

(以下坐标优化出来的的lattice vector 是错的，求助正确写法 )

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors
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1楼 2015-05-07 08:20:56
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905         1
     2.084199905         0.000000000         2.084199905         1
     2.084199905         2.084199905         0.000000000         1
     2.084199905         2.084199905         2.084199905         2
     2.084199905         0.000000000         0.000000000         2
     0.000000000         2.084199905         0.000000000         2
     0.000000000         0.000000000         2.084199905         2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
应该是晶格内原子的坐标错了。

我这人比较懒，可以这样：
从MS导出cif（其他途径得到cif也行），然后通过VESTA程序转换为vasp的格式（笛卡尔坐标），之后把坐标拷贝过来按照元素顺序加上编号即可。表面模型也是如此建立，当然借助MS简单的多，可以找个破解版建模使用而已。
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2楼2015-05-07 14:43:02
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

非常感谢，我最开始是用这个做的，但是输出文件里总是显示 原子间距离太近....
这个是我以前的输入坐标

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                0.00000000    2.08500000    2.08500000 1
                2.08500000    0.00000000    2.08500000 1
                2.08500000    2.08500000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
                2.08500000    0.00000000    0.00000000 2
                0.00000000    2.08000000    0.00000000 2
                0.00000000    0.00000000    2.08000000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors


电脑全部mac，装不了MS，而且破解版的不敢轻易装，被学校抓到就死翘翘了
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3楼2015-05-07 15:35:11
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

非常感谢，我最开始是用这个做的，但是输出文件里总是显示 原子间距离太近....
这个是我以前的输入坐标

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
                0.00000000    0.00000000    0.00000000 1
                0.00000000    2.08500000    2.08500000 1
                2.08500000    0.00000000    2.08500000 1
                2.08500000    2.08500000    0.00000000 1
                2.08500000    2.08500000    2.08500000 2
                2.08500000    0.00000000    0.00000000 2
                0.00000000    2.08000000    0.00000000 2
                0.00000000    0.00000000    2.08000000 2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

LatticeConstant    1.0000000 Ang
%block LatticeVectors
4.17000         0.00000000    0.00000000
0.00000000    4.170000        0.00000000
0.00000000    0.00000000    4.17000000
%endblock LatticeVectors


电脑全部mac，装不了MS，而且破解版的不敢轻易装，被学校抓到就死翘翘了
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4楼2015-05-07 15:35:21
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-05-07 14:43:02
看起来应该是这样的：
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
esian
     0.000000000         0.000000000         0.000000000         1
     0.000000000         2.084199905         2.084199905     ...

找到错误了，没有用笛卡尔坐标 “AtomicCoordinatesFormat Fragament”
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5楼2015-05-07 16:29:19
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by minmin_0082003 at 2015-05-07 16:29:19
找到错误了，没有用笛卡尔坐标 “AtomicCoordinatesFormat Fragament”...

AtomicCoordinatesFormat Fractional
然后写分数坐标，用VESTA导出坐标的时候选择Fractional的坐标，直接贴到这边。对于Ang模式我也不是很熟悉。

哦，学校查这么严估计是在国外。你可以去网上找cif的格式，然后再VETSA导出（VESTA是免费的）。至于表面，我建议最好还是找个MS的破解版自己电脑上安装，如果自己电脑也是Mac的只好考虑用虚拟机了，这应该是建立表面最简单的途径。

Mac上用gfortran编译出来的SIETSA并行效率似乎比较低，而且Mac下面编译出来计算没问题的程序大概现在看下来只有PWscf和SIESTA。
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6楼2015-05-07 17:18:14
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by minmin_0082003 at 2015-05-07 16:29:19
找到错误了，没有用笛卡尔坐标 “AtomicCoordinatesFormat Fragament”...

你应该是少了AtomicCoordinatesFormat Ang
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7楼2015-05-07 17:27:20
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