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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图
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三与七之间

铁虫 (小有名气)

[求助] 小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图已有4人参与

我最近在弄我的毕业论文，涉及到了一种图，不知道是利用什么软件做出来的，文献上也没有说的很清楚，这个图与分子动力学模拟有关，请求大神们帮帮我~~~~

小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图
图片1.png
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1楼2015-05-05 09:56:27
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
三与七之间(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导 2015-05-05 14:09:11
欢迎研究人类遗传学的朋友光临，呵呵。
RMSD是一种统计学上的处理方法，用来描述偏差的大小。计算方法就是将所以有离散点之差，平方，之后再进行平均，然后再开方。因此，并不一定是分子动力学模拟的结果。分子动力学之是找到那些离散的点。RMSD一般写个小程序就可以得到。
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2楼2015-05-05 10:15:29
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astrozheng

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
所有的画图软件都可以。只是效果和具体操作不同。
比如SPSS，SAS，OriginPro，Excel。如果你想，自己写代码都可以。
绘图的数据来源是很直观的，只是你需要不同的工具而已。
我一直用的是Origin，很好用，绘图效果也很好。
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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
8楼2015-05-05 19:03:02
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普通回帖

三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-05-05 10:15:29
欢迎研究人类遗传学的朋友光临，呵呵。
RMSD是一种统计学上的处理方法，用来描述偏差的大小。计算方法就是将所以有离散点之差，平方，之后再进行平均，然后再开方。因此，并不一定是分子动力学模拟的结果。分子动力 ...

我从文献上复制下来这段话：
We calculated the RMSD for all the atoms from the initial
structure that was considered as the central origin to measure the
convergence of the protein system concerned (Figure 5).
这的确使用统计软件做出来的么？用SPSS就可以弄出来是不？
小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图-1
2.png
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3楼2015-05-05 10:34:18
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 10:34:18
我从文献上复制下来这段话：
We calculated the RMSD for all the atoms from the initial
structure that was considered as the central origin to measure the
convergence of the protein system concerned ...

那个图传错了，嘿嘿，是这个。。。
小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图-2
3.png
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4楼2015-05-05 10:39:40
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 10:39:40
那个图传错了，嘿嘿，是这个。。。

3.png
...

哦，蛋白质的，这个结果看起来是用分子动力学作出来的结果。
不过，这个图是否是软件自动生成的，我就不得而知了。不过还是建议自己写个程序处理一下再画图
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5楼2015-05-05 15:06:51
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by abinitio at 2015-05-05 15:06:51
哦，蛋白质的，这个结果看起来是用分子动力学作出来的结果。
不过，这个图是否是软件自动生成的，我就不得而知了。不过还是建议自己写个程序处理一下再画图...

之前我已经把RMSD值算出来了，导师要求我再把这个图给弄出来，但是我实在是不知道他是怎么弄出来的。那个。。。我不会写程序。。。
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6楼2015-05-05 15:30:38
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 15:30:38
之前我已经把RMSD值算出来了，导师要求我再把这个图给弄出来，但是我实在是不知道他是怎么弄出来的。那个。。。我不会写程序。。。...

算出来了，那就画图不就行了？
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7楼2015-05-05 17:32:52
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by abinitio at 2015-05-05 17:32:52
算出来了，那就画图不就行了？...

其实我对这个RSMD值并不是很理解，这个图我觉得应该是用于分子动力学模拟的软件做出来的，不是画画图那么简单，而且，我只有RSMD值，并没有涉及到时间啊，所以肯定不是直接画图就出来的吧？你说呢？
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9楼2015-05-05 20:11:29
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by astrozheng at 2015-05-05 19:03:02
所有的画图软件都可以。只是效果和具体操作不同。
比如SPSS，SAS，OriginPro，Excel。如果你想，自己写代码都可以。
绘图的数据来源是很直观的，只是你需要不同的工具而已。
我一直用的是Origin，很好用，绘图效 ...

可不可以说的具体一些嘞？？谢谢~~~
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10楼2015-05-05 20:12:31
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