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三与七之间

铁虫 (小有名气)

[求助] 小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图 已有4人参与

我最近在弄我的毕业论文，涉及到了一种图，不知道是利用什么软件做出来的，文献上也没有说的很清楚，这个图与分子动力学模拟有关，请求大神们帮帮我~~~~

小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图
图片1.png
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1楼 2015-05-05 09:56:27
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-05-05 10:15:29
欢迎研究人类遗传学的朋友光临，呵呵。
RMSD是一种统计学上的处理方法，用来描述偏差的大小。计算方法就是将所以有离散点之差，平方，之后再进行平均，然后再开方。因此，并不一定是分子动力学模拟的结果。分子动力 ...

我从文献上复制下来这段话：
We calculated the RMSD for all the atoms from the initial
structure that was considered as the central origin to measure the
convergence of the protein system concerned (Figure 5).
这的确使用统计软件做出来的么？用SPSS就可以弄出来是不？
小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图-1
2.png
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3楼2015-05-05 10:34:18
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
三与七之间(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导 2015-05-05 14:09:11
欢迎研究人类遗传学的朋友光临，呵呵。
RMSD是一种统计学上的处理方法，用来描述偏差的大小。计算方法就是将所以有离散点之差，平方，之后再进行平均，然后再开方。因此，并不一定是分子动力学模拟的结果。分子动力学之是找到那些离散的点。RMSD一般写个小程序就可以得到。
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2楼2015-05-05 10:15:29
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三与七之间

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 10:34:18
我从文献上复制下来这段话：
We calculated the RMSD for all the atoms from the initial
structure that was considered as the central origin to measure the
convergence of the protein system concerned ...

那个图传错了，嘿嘿，是这个。。。
小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图-2
3.png
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4楼2015-05-05 10:39:40
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 10:39:40
那个图传错了，嘿嘿，是这个。。。

3.png
...

哦，蛋白质的，这个结果看起来是用分子动力学作出来的结果。
不过，这个图是否是软件自动生成的，我就不得而知了。不过还是建议自己写个程序处理一下再画图
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5楼2015-05-05 15:06:51
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