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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
9楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 20:11:29
其实我对这个RSMD值并不是很理解,这个图我觉得应该是用于分子动力学模拟的软件做出来的,不是画画图那么简单,而且,我只有RSMD值,并没有涉及到时间啊,所以肯定不是直接画图就出来的吧?你说呢?...

你是说这个RSMD与时间无关?那这个图是想说明什么关系呢?
11楼2015-05-06 12:00:36
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astrozheng

银虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 20:12:31
可不可以说的具体一些嘞??谢谢~~~...

不可能只有RMSD数据没有时间。
每个RMSD数据点都是在一个时间点上算出来的。比如,每隔一个ps(皮秒),输出一个RMSD数据值。在你的图上就是纵轴RMSD,横轴时间。
个人签名用英文会没有空格,真是个bug.
12楼2015-05-06 12:22:39
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百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)

动力学做了多长时间就会有多长时间的RMSD,不可能只会有一个值的。有时各个时间点的RMSD值的数据需要你自己用命令导出来~

[ 发自小木虫客户端 ]
你的夕阳,我的容颜,谁的三分之一年
13楼2015-05-06 12:36:33
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)

你可以试下用VMD
勿忘心安
14楼2015-05-07 19:40:11
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贝叶竹青

木虫 (著名写手)

内容已删除
come to meet a different you.努力到无能为力,拼搏到感动自己。
15楼2015-05-08 01:53:41
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贝叶竹青

木虫 (著名写手)

内容已删除
come to meet a different you.努力到无能为力,拼搏到感动自己。
16楼2015-05-08 01:57:11
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ccqqsunshine

金虫 (正式写手)

是做结构模拟的吗?你搜动力学模拟看人家的软件是什么。结构动力,分子对接,薛定谔软件包肯定能帮你完成。来源的很多软件也可以

[ 发自小木虫客户端 ]
17楼2015-05-08 07:16:53
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ccqqsunshine

金虫 (正式写手)

楼上那个vmd也可以,论坛专门还有个板块做这个的

[ 发自小木虫客户端 ]
18楼2015-05-08 07:18:17
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gaoya99

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

这个是模拟蛋白体系的;

rmsd的计算可以直接用ptraj生成(这个ptraj命令是amber动力学模拟软件里的);
然后用xmgrace画图;(两列数据,第一列为snapshot,也就是时间;第二列为rmsd的值);

其实你也可以用gnuplot画图;

效果是一样的;
19楼2015-05-08 15:00:39
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