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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 小妹想弱弱的问一句纵轴为RMSD值，横轴为时间的坐标图是利用什么软件做出来的？如下图
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lx_PICO

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
9楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 20:11:29
其实我对这个RSMD值并不是很理解，这个图我觉得应该是用于分子动力学模拟的软件做出来的，不是画画图那么简单，而且，我只有RSMD值，并没有涉及到时间啊，所以肯定不是直接画图就出来的吧？你说呢？...

你是说这个RSMD与时间无关？那这个图是想说明什么关系呢？
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11楼2015-05-06 12:00:36
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astrozheng

银虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 三与七之间 at 2015-05-05 20:12:31
可不可以说的具体一些嘞？？谢谢~~~...

不可能只有RMSD数据没有时间。
每个RMSD数据点都是在一个时间点上算出来的。比如，每隔一个ps（皮秒），输出一个RMSD数据值。在你的图上就是纵轴RMSD，横轴时间。
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个人签名用英文会没有空格，真是个bug.
12楼2015-05-06 12:22:39
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百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)
动力学做了多长时间就会有多长时间的RMSD，不可能只会有一个值的。有时各个时间点的RMSD值的数据需要你自己用命令导出来～

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你的夕阳，我的容颜，谁的三分之一年
13楼2015-05-06 12:36:33
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
你可以试下用VMD
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勿忘心安
14楼2015-05-07 19:40:11
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贝叶竹青

木虫 (著名写手)
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come to meet a different you.努力到无能为力，拼搏到感动自己。
15楼2015-05-08 01:53:41
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贝叶竹青

木虫 (著名写手)
内容已删除
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come to meet a different you.努力到无能为力，拼搏到感动自己。
16楼2015-05-08 01:57:11
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ccqqsunshine

金虫 (正式写手)
是做结构模拟的吗？你搜动力学模拟看人家的软件是什么。结构动力，分子对接，薛定谔软件包肯定能帮你完成。来源的很多软件也可以

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17楼2015-05-08 07:16:53
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ccqqsunshine

金虫 (正式写手)
楼上那个vmd也可以，论坛专门还有个板块做这个的

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18楼2015-05-08 07:18:17
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gaoya99

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

这个是模拟蛋白体系的；

rmsd的计算可以直接用ptraj生成（这个ptraj命令是amber动力学模拟软件里的）；
然后用xmgrace画图；（两列数据，第一列为snapshot，也就是时间；第二列为rmsd的值）；

其实你也可以用gnuplot画图；

效果是一样的；
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19楼2015-05-08 15:00:39
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