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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 为什么我扩增3‘RACE出来三个片段，都有ploy A 结构
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)

[求助] 为什么我扩增3‘RACE出来三个片段，都有ploy A 结构 已有1人参与

最短的那条序列没有终止密码子，长的两个都有，长的两条蛋白序列前面都一样，只有最后20多个不一样，但是都有polyA结构，而且在NCBI上比对后都是我要的基因，请大神指点。
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1楼 2015-05-04 10:21:44
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-05-04 23:20:48
考虑一下mRNA的差异剪接，可能是由于剪接的方式不一样
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2楼2015-05-04 10:29:16
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yingheqian at 2015-05-04 10:29:16
考虑一下mRNA的差异剪接，可能是由于剪接的方式不一样

我也这样想过，那如果是剪接方式不一样，那是不是三个片段就没有什么意义了，直接用最长的那个就好。还是说写文章的时候要把这些写进去
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3楼2015-05-04 10:41:33
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yingheqian

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 棋水泱泱 at 2015-05-04 10:41:33
我也这样想过，那如果是剪接方式不一样，那是不是三个片段就没有什么意义了，直接用最长的那个就好。还是说写文章的时候要把这些写进去...

如果是3种剪接方式，那么3种mRNA编码的蛋白有差异，并且其功能也有可能有差异，有可能是调控机制的一种，比较复杂了。要分析清楚，你和基因组比较一下，看看是不是其中几个外显子的差异组合或者。
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4楼2015-05-04 10:57:57
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yingheqian at 2015-05-04 10:57:57
如果是3种剪接方式，那么3种mRNA编码的蛋白有差异，并且其功能也有可能有差异，有可能是调控机制的一种，比较复杂了。要分析清楚，你和基因组比较一下，看看是不是其中几个外显子的差异组合或者。...

我现在还没有做基因的全长，只是cDNA的全长。我比对核酸序列，是第二个长的序列的中间比第一个长的少一段，所以所编码的蛋白最后二三十个氨基酸是不一样的。我想二三十氨基酸是不是不太长，所以功能也就没太大区别?但是应该是剪切方式不同造成的，因为是在中间少一段的。短的那个就没有终止子。那如果是调控机制的一种，我该怎么分析呀？因为这一块儿我不太懂，我们老师也不懂，所以麻烦你了。
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5楼2015-05-04 11:07:10
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yingheqian

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 棋水泱泱 at 2015-05-04 11:07:10
我现在还没有做基因的全长，只是cDNA的全长。我比对核酸序列，是第二个长的序列的中间比第一个长的少一段，所以所编码的蛋白最后二三十个氨基酸是不一样的。我想二三十氨基酸是不是不太长，所以功能也就没太大区别 ...

我觉得你应该把3种全长都拿到，基因组序列也测出来，分析一下是不是可变剪接导致的。然后，可以逐个分析基因的功能，是调控还是这个基因本身就有3种功能蛋白。在你获得基本的信息之前，没有办法去下结论。如果整清楚了，说不定是一篇很好的文章
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6楼2015-05-04 11:17:43
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whh2013

金虫 (正式写手)
如果ORF区和你的一样，那就直接用最长的就好了。
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7楼2015-05-04 19:52:31
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混合配搭

新虫 (小有名气)
你好，你是怎么看有没有POLYA的啊？新手一枚
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8楼2015-05-05 09:27:58
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 混合配搭 at 2015-05-05 09:27:58
你好，你是怎么看有没有POLYA的啊？新手一枚

poly A 结构就是序列3‘端尾部有一堆A碱基
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9楼2015-05-05 12:36:51
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by whh2013 at 2015-05-04 19:52:31
如果ORF区和你的一样，那就直接用最长的就好了。

但是最长的那个和第二长的ORF区蛋白有二三十个不一样呀，不知道这些不同有没有意义
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10楼2015-05-05 12:38:41
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