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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)

[求助] 为什么我扩增3‘RACE出来三个片段,都有ploy A 结构 已有1人参与

最短的那条序列没有终止密码子,长的两个都有,长的两条蛋白序列前面都一样,只有最后20多个不一样,但是都有polyA结构,而且在NCBI上比对后都是我要的基因,请大神指点。
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yingheqian

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-05-04 23:20:48
考虑一下mRNA的差异剪接,可能是由于剪接的方式不一样
2楼2015-05-04 10:29:16
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yingheqian at 2015-05-04 10:29:16
考虑一下mRNA的差异剪接,可能是由于剪接的方式不一样

我也这样想过,那如果是剪接方式不一样,那是不是三个片段就没有什么意义了,直接用最长的那个就好。还是说写文章的时候要把这些写进去
3楼2015-05-04 10:41:33
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yingheqian

金虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 棋水泱泱 at 2015-05-04 10:41:33
我也这样想过,那如果是剪接方式不一样,那是不是三个片段就没有什么意义了,直接用最长的那个就好。还是说写文章的时候要把这些写进去...

如果是3种剪接方式,那么3种mRNA编码的蛋白有差异,并且其功能也有可能有差异,有可能是调控机制的一种,比较复杂了。要分析清楚,你和基因组比较一下,看看是不是其中几个外显子的差异组合或者。
4楼2015-05-04 10:57:57
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yingheqian at 2015-05-04 10:57:57
如果是3种剪接方式,那么3种mRNA编码的蛋白有差异,并且其功能也有可能有差异,有可能是调控机制的一种,比较复杂了。要分析清楚,你和基因组比较一下,看看是不是其中几个外显子的差异组合或者。...

我现在还没有做基因的全长,只是cDNA的全长。我比对核酸序列,是第二个长的序列的中间比第一个长的少一段,所以所编码的蛋白最后二三十个氨基酸是不一样的。我想二三十氨基酸是不是不太长,所以功能也就没太大区别?但是应该是剪切方式不同造成的,因为是在中间少一段的。短的那个就没有终止子。那如果是调控机制的一种,我该怎么分析呀?因为这一块儿我不太懂,我们老师也不懂,所以麻烦你了。
5楼2015-05-04 11:07:10
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yingheqian

金虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 棋水泱泱 at 2015-05-04 11:07:10
我现在还没有做基因的全长,只是cDNA的全长。我比对核酸序列,是第二个长的序列的中间比第一个长的少一段,所以所编码的蛋白最后二三十个氨基酸是不一样的。我想二三十氨基酸是不是不太长,所以功能也就没太大区别 ...

我觉得你应该把3种全长都拿到,基因组序列也测出来,分析一下是不是可变剪接导致的。然后,可以逐个分析基因的功能,是调控还是这个基因本身就有3种功能蛋白。在你获得基本的信息之前,没有办法去下结论。如果整清楚了,说不定是一篇很好的文章
6楼2015-05-04 11:17:43
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whh2013

金虫 (正式写手)

如果ORF区和你的一样,那就直接用最长的就好了。
7楼2015-05-04 19:52:31
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混合配搭

新虫 (小有名气)

你好,你是怎么看有没有POLYA的啊?新手一枚
8楼2015-05-05 09:27:58
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 混合配搭 at 2015-05-05 09:27:58
你好,你是怎么看有没有POLYA的啊?新手一枚

poly A 结构就是序列3‘端尾部有一堆A碱基
9楼2015-05-05 12:36:51
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棋水泱泱

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by whh2013 at 2015-05-04 19:52:31
如果ORF区和你的一样,那就直接用最长的就好了。

但是最长的那个和第二长的ORF区蛋白有二三十个不一样呀,不知道这些不同有没有意义
10楼2015-05-05 12:38:41
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