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再闹不给糖

新虫 (正式写手)

[求助] fast digest 酶切p1300-35S载体,切半个小时切不干净是怎么回事,本人新手,求指点~~~ 已有4人参与

p1300-35S载体上面的kpnI以及speI两个酶切位点,用fast digest 快切酶酶切,体系

载体                  40μl
kpnI                  1μl
speI                   1μl
green buffer       5μl
ddH2O               3μl
total                  50μl

酶切30分钟,切完之后,做胶回收以及检测,看条带大小都符合预期(约10k),但是与基因做连接的时候,做了一个空载的对照,用DH5α 大肠杆菌感受态转化以后,对照空载也长了单菌落(3个),说明载体没切干净,请问这种情况下该怎么办
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天空没有留下翅膀的痕迹,我却从中飞过
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angel00001

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
再闹不给糖: 金币+2, 谢谢评论哈,友情赠送 2015-05-04 12:29:13
这个我忘了不好意思啊

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-05-03 20:17:07
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
再闹不给糖: 金币+3, 有帮助, 质粒浓度也就800ng左右,我不知道这个多不多,没概念,老师说不超过1微克 2015-05-04 12:30:28
这很明显是质粒放多了,少放点质粒就OK了

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-05-03 22:17:20
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yan_nie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-05-04 09:02:01
有一点点载体没切干净其实问题不大。如果连接产物转化后菌落数量远大于空载对照菌落数量,就暗示大部分菌落所含质粒是阳性产物。在这种情况下,多挑几个单克隆,用酶切或PCR选阳性克隆就好。
如果要切得更干净的话,一般延长酶切时间(最长可以过夜:12-16小时)就好了(之前需要上FastDigest的网站查询一下,看看所用的酶能够保持活性的时间是否足够长)。
己欲立而立人,己欲达而达人。
4楼2015-05-03 23:49:05
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auwdh

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2015-05-04 09:02:05
参照那个酶的使用说明书来做最把稳了。还有可以适当延长酶切时间或者酶量。有点切不干净没事的,不影响后续回收或者链接就行了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
我交出一片心,不怕你误解,谁没受过伤,谁没流过泪?
5楼2015-05-04 00:32:26
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再闹不给糖

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Neo2000 at 2015-05-03 22:17:20
这很明显是质粒放多了,少放点质粒就OK了

质粒浓度一般不超过1微克,我这个总共也只有800ng,应该不多吧
天空没有留下翅膀的痕迹,我却从中飞过
6楼2015-05-04 08:45:25
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再闹不给糖

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yan_nie at 2015-05-03 23:49:05
有一点点载体没切干净其实问题不大。如果连接产物转化后菌落数量远大于空载对照菌落数量,就暗示大部分菌落所含质粒是阳性产物。在这种情况下,多挑几个单克隆,用酶切或PCR选阳性克隆就好。
如果要切得更干净的话 ...

fast digest 这个你用的多不,说明书上说的是5-15分钟即可,我切的是30分钟,之前有酶切过夜,不过酶切后貌似载体有杂带出现,也就是可能伴随有切到其他位点的情况,这个问题你碰到过么
天空没有留下翅膀的痕迹,我却从中飞过
7楼2015-05-04 08:47:55
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 再闹不给糖 at 2015-05-04 08:45:25
质粒浓度一般不超过1微克,我这个总共也只有800ng,应该不多吧...

实际上你并不需要那么多吧,做连接的话只要一点点就够,不能贪多,否则阳性率低,我这边基本上可以做到接近100%的阳性率

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2015-05-04 10:18:52
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再闹不给糖

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by Neo2000 at 2015-05-04 10:18:52
实际上你并不需要那么多吧,做连接的话只要一点点就够,不能贪多,否则阳性率低,我这边基本上可以做到接近100%的阳性率
...

做连接 的话,你一般大概用多少纳克载体,多少纳克片段呀,我这个载体大概10K,片段0.7k和0.9k
天空没有留下翅膀的痕迹,我却从中飞过
9楼2015-05-04 12:27:19
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 再闹不给糖 at 2015-05-04 12:27:19
做连接 的话,你一般大概用多少纳克载体,多少纳克片段呀,我这个载体大概10K,片段0.7k和0.9k...

我不测浓度的,你可以切个梯度,尽量少切

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2015-05-04 12:28:54
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