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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » Kinetic Monte carlo动力学蒙特卡罗模拟化学反应。。
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清泥-3

金虫 (小有名气)

[求助] Kinetic Monte carlo动力学蒙特卡罗模拟化学反应。。已有3人参与

各位虫友们，有谁对做过动力学蒙特卡罗模拟化学反应？ 求指导呀，最近老师让我研究这个，真心看不懂？有哪位大神能够指导下，感激不尽。。。做模拟的时候初始模型是随意给定的还是？如果某个事件能够发生，比如反应A能生成B, 在模拟的时候是不是只在某个格点上发生一次这样的事情，然后进入到下一个循环，还是所有的满足的格子上面的A都能生成B。？
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刚刚开始接触，以后还要继续努力学习。
1楼2015-04-24 21:51:30
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清泥-3

金虫 (小有名气)
怎么都没有人搭理？
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2楼2015-04-27 09:55:03
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vanceeasleaf

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

KMC的code有lammps官方的spparks，以及VTST官方的eon和aKMC,spparks主要用于Lattice KMC,功能比较有限，aKMC是perl写的控制程序，调用vasp用NEB寻找过渡态然后执行KMC，并且是adaptive的，eon是python写的，我比较喜欢这个，功能也是最强的
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8楼2015-07-11 13:19:51
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wolffporter

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 吕京毛衣 at 2016-03-15 10:12:43
请问针对高分子化学反应的Monte Carlo用什么软件实现

我用matlab做的，详见我给本主题楼主的回复，应该在楼上。
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12楼2016-03-18 14:55:33
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普通回帖

kjsun

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
清泥-3: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-05-04 11:13:10
模拟的时候初始模型是随意给定的还是？如果某个事件能够发生，比如反应A能生成B, 在模拟的时候是不是只在某个格点上发生一次这样的事情，然后进入到下一个循环，还是所有的满足的格子上面的A都能生成B。？

答：初始模型是在满足一些条件的情况下，随便定的。
   一般是：某个格子上的A生成B,然后进入下一循环。




特别提醒：我没做过KMC模拟反应。
我做的是模拟脱附过程，
所以仅供参考。
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3楼2015-04-27 10:27:22
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清泥-3

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kjsun at 2015-04-27 10:27:22
模拟的时候初始模型是随意给定的还是？如果某个事件能够发生，比如反应A能生成B, 在模拟的时候是不是只在某个格点上发生一次这样的事情，然后进入到下一个循环，还是所有的满足的格子上面的A都能生成B。？

答：初 ...

脱附过程，是用什么算法，BKL,还是第一反应法，还是别的，这些算法的使用是不是看自己的选择，还是说根据自己要模拟什么来定？
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4楼2015-04-27 16:14:50
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清泥-3

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kjsun at 2015-04-27 10:27:22
模拟的时候初始模型是随意给定的还是？如果某个事件能够发生，比如反应A能生成B, 在模拟的时候是不是只在某个格点上发生一次这样的事情，然后进入到下一个循环，还是所有的满足的格子上面的A都能生成B。？

答：初 ...

非常感谢大神的回答，。。。
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5楼2015-04-27 16:15:54
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kjsun

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 清泥-3 at 2015-04-27 16:14:50
脱附过程，是用什么算法，BKL,还是第一反应法，还是别的，这些算法的使用是不是看自己的选择，还是说根据自己要模拟什么来定？...

我被你吓到了，因为我根本不知道BKL和第一反应法是什么区别。
好吧，我承认我不是这个领域的人，我是外行。

我用KMC模拟的是吸附分子的程序升温脱附（TPD）过程
表面上的吸附的分子有两种行为：扩散和脱附 (忽略再吸附的可能）
扩散远远快于脱附，所以：
1. 让分子扩散，直到扩散平衡。
2. 随机选择一分子，让其脱附，计算时间变化 t= -ln(随机数)/脱附率的加和, 和新的温度值 T=前一步温度+t*升温速度
3 如果T未达到结束温度， 跳转1。否则，中止，结束。
把每个T下的值画出来，就是TPD的结果。


简单到我都不好意思说了。
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6楼2015-04-28 12:29:01
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清泥-3

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by kjsun at 2015-04-28 12:29:01
我被你吓到了，因为我根本不知道BKL和第一反应法是什么区别。
好吧，我承认我不是这个领域的人，我是外行。

我用KMC模拟的是吸附分子的程序升温脱附（TPD）过程
表面上的吸附的分子有两种行为：扩散和脱附 (忽 ...

非常感谢你的回答，你是自己写程序的吗？ 能够给一个你的程序代码让我学习下吗？
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7楼2015-05-04 11:12:02
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清泥-3

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by vanceeasleaf at 2015-07-11 13:19:51
KMC的code有lammps官方的spparks，以及VTST官方的eon和aKMC,spparks主要用于Lattice KMC,功能比较有限，aKMC是perl写的控制程序，调用vasp用NEB寻找过渡态然后执行KMC，并且是adaptive的，eon是python写的，我比较喜 ...

你好，你用KMC主要是用来做哪方面的研究？
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9楼2015-10-20 15:34:39
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吕京毛衣

银虫 (小有名气)
请问针对高分子化学反应的Monte Carlo用什么软件实现
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10楼2016-03-15 10:12:43
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