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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » Kinetic Monte carlo动力学蒙特卡罗模拟化学反应。。
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wolffporter

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我博士课题期间自学并用matlab写了个MC的代码，不过是用于高分子聚合反应的，参考了杨玉良与张红东写的 “高分子科学中的 Monte Carlo 方法”。化学反应的MC模拟大体来说就是用到两组随机数：r1与r2。

r1是一个1×1的数组，也就是一个数，用于产生每一步反应的时间；
r2是一个N×1的数组，用于选择反应类型，N等于反应物种的数目，也就是说每一个反应物种会分配得到一个随机数值。

设体系有 M 种反应，各反应的反应频率为 ai （i=1,2,...,M）。那么总的反应频率就是 SIGMA（ai）。如果一些反应物种所分配到的 r2 值的范围在（a1,a2]/SIGMA(ai) ，那么这些反应物种选择进行第一种反应；以此类推， r2 值的范围在（a2,a3]/SIGMA(ai) 的那些反应物种，选择进行第二种反应........
反应类型的排序不影响结果，也就是说随你喜欢把哪种反应放第几个。

每当遍历了所有类型的反应，反应时间增加 tao，tao 值由 r1 计算产生 tao=ln(1/r1)/SIGMA(ai)。当时间达到你要的反应时间，终止程序。
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11楼2016-03-18 14:51:35
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wolffporter

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 吕京毛衣 at 2016-03-15 10:12:43
请问针对高分子化学反应的Monte Carlo用什么软件实现

我用matlab做的，详见我给本主题楼主的回复，应该在楼上。
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12楼2016-03-18 14:55:33
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wolffporter

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

这是我写的计算流程。
Kinetic  Monte carlo动力学蒙特卡罗模拟化学反应。。
图片1.png
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13楼2016-03-18 14:58:18
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吕京毛衣

银虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by wolffporter at 2016-03-18 14:58:18
这是我写的计算流程。

图片1.png

嗯嗯非常感谢您的帮助

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14楼2016-03-18 22:32:25
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吕京毛衣

银虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by wolffporter at 2016-03-18 14:51:35
我博士课题期间自学并用matlab写了个MC的代码，不过是用于高分子聚合反应的，参考了杨玉良与张红东写的 “高分子科学中的 Monte Carlo 方法”。化学反应的MC模拟大体来说就是用到两组随机数：r1与r2。

r1是一个1 ...

想请教你一下，你开始有没有设定反应体积，如果有要怎么设定呢？

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15楼2016-03-31 21:01:12
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wolffporter

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 吕京毛衣 at 2016-03-31 21:01:12
想请教你一下，你开始有没有设定反应体积，如果有要怎么设定呢？
...

没有。不过据了解，这个一般通过设定密度跟总量来实现吧。
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16楼2016-04-01 20:18:52
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吕京毛衣

银虫 (小有名气)
嗯嗯了解

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17楼2016-04-01 22:22:54
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梦想个一有我

新虫 (小有名气)
楼主，在吗？我想问下，有KMC的交流圈吗？
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18楼2017-11-29 08:48:56
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