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清泥-3金虫 (小有名气)
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[求助]
Kinetic Monte carlo动力学蒙特卡罗模拟化学反应。。已有3人参与
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各位虫友们，有谁对做过动力学蒙特卡罗模拟化学反应？ 求指导呀，最近老师让我研究这个，真心看不懂？有哪位大神能够指导下，感激不尽。。。做模拟的时候初始模型是随意给定的还是？如果某个事件能够发生，比如反应A能生成B, 在模拟的时候是不是只在某个格点上发生一次这样的事情，然后进入到下一个循环，还是所有的满足的格子上面的A都能生成B。？ |
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【答案】应助回帖
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我博士课题期间自学并用matlab写了个MC的代码，不过是用于高分子聚合反应的，参考了杨玉良与张红东写的 “高分子科学中的 Monte Carlo 方法”。化学反应的MC模拟大体来说就是用到两组随机数：r1与r2。 r1是一个1×1的数组，也就是一个数，用于产生每一步反应的时间； r2是一个N×1的数组，用于选择反应类型，N等于反应物种的数目，也就是说每一个反应物种会分配得到一个随机数值。 设体系有 M 种反应，各反应的反应频率为 ai （i=1,2,...,M）。那么总的反应频率就是 SIGMA（ai）。如果一些反应物种所分配到的 r2 值的范围在（a1,a2]/SIGMA(ai) ，那么这些反应物种选择进行第一种反应；以此类推， r2 值的范围在（a2,a3]/SIGMA(ai) 的那些反应物种，选择进行第二种反应........ 反应类型的排序不影响结果，也就是说随你喜欢把哪种反应放第几个。 每当遍历了所有类型的反应，反应时间增加 tao，tao 值由 r1 计算产生 tao=ln(1/r1)/SIGMA(ai)。当时间达到你要的反应时间，终止程序。 |
11楼2016-03-18 14:51:35
清泥-3
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2楼2015-04-27 09:55:03
kjsun
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【答案】应助回帖
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清泥-3: 金币+30, ★★★很有帮助 2015-05-04 11:13:10
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模拟的时候初始模型是随意给定的还是？如果某个事件能够发生，比如反应A能生成B, 在模拟的时候是不是只在某个格点上发生一次这样的事情，然后进入到下一个循环，还是所有的满足的格子上面的A都能生成B。？ 答：初始模型是在满足一些条件的情况下，随便定的。 一般是：某个格子上的A生成B,然后进入下一循环。  特别提醒：我没做过KMC模拟反应。 我做的是模拟脱附过程， 所以仅供参考。 |
3楼2015-04-27 10:27:22
清泥-3
金虫 (小有名气)
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4楼2015-04-27 16:14:50