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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 向高手请教——琼脂糖DNA电泳结果分析
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长风892

木虫 (著名写手)

[交流] 向高手请教——琼脂糖DNA电泳结果分析

我最近跑了琼脂糖DNA电泳，结果不甚理想，但又分析不出是什么原因，请

教了很多人，还是不明白什么原因。请哪位高手指点下，万分感谢！！！

    实验结果请见附件照片，从左到右依次为MARK，阴性组，低剂量组和两个

高剂量组。MARK颜色较浅，阴性组和低剂量组拖尾较严重，两个高剂量组则无

明显拖尾现象（注：药物对肿瘤细胞具有较强的抑制作用）。
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1楼 2008-07-07 21:05:03
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xujian568

至尊木虫 (著名写手)

Count XU
有可能是样品浓度问题，也就是上样的量。再者提的质量好像不太好。胶的浓度是多少，有没有配错？电流是多少？可能太高了。还有就是缓冲液，是不是该换了。你用什么染色的？EB or goldview?时间是多少，如果是直接加在胶里，调整下浓度。你分析下，换着试试。
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活着就要让人感受到你的存在。
2楼2008-07-08 09:44:49
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
是加药之后直接提total DNA然后跑胶吗？
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3楼2008-07-08 10:24:24
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长风892

木虫 (著名写手)
用的是试剂盒提的，胶浓度为1.5％，电压60V，电流18MA，电泳2.5H结束，EB染色10分钟，上样量为15UL，请问这与电流大小有关吗？一般常用电流是多少？为什么高剂量没出现拖尾呢？
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4楼2008-07-08 10:26:14
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
这样子的，total DNA一般推荐0.3%的胶，但我一般用0.8%的胶，图更加漂亮，更浓的胶就很难跑。如果电泳时间过长，胶发热了，DNA很容易降解。就会有很严重的拖尾。
电压用100V~120V，当二甲苯青跑到1/3左右就可以停（短的小胶）
上样一般取5ul，不过看你的DNA的含量。你上了15ul还是这么淡，很奇怪，浓度太低了吧。

我用过Invitrogen和QIAGEN的盒子来提，效果都不错
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5楼2008-07-08 10:31:30
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长风892

木虫 (著名写手)
但是请问前后高低剂量间为什么会有这么大的差异呢？阴性组和低剂量组拖尾较严重，两个高剂量组则无明显拖尾现象
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6楼2008-07-08 10:37:25
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
其实不知道你有没有重复过实验就是一定为阴性及低剂量拖尾，高剂量没事
这一点确实比较参不透
难道是试剂盒不好？你用的是什么公司的呢？
或者真的是因为电泳时间太长导致降解拖尾吧~
如果你的药浓度确实挺高的话，那么收细胞之前还是得用PBS洗干净，否则怕那些药对DNA提取过程有影响
我也做加药然后提DNA的，也是同样能够抑制肿瘤生长，很明显提出来的DNA量就少很多了，少1/4左右是很正常的事情，所以电泳跑出来条带的浓度也会不一样
当然像我提很高浓度的，就基本看不出有什么差别了，电泳的分辨率所限
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7楼2008-07-08 10:45:03
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长风892

木虫 (著名写手)
重复实验3次，结果一样
国产的TIANGEN试剂盒，收细胞前用生理盐水洗涤3次。请问您的胶通常是多大规格的，电泳时间一般是多长？
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8楼2008-07-08 10:53:13
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
提DNA的话，Tiangen应该不至于那么烂
是不是你提取的时候吹打还有晃动太严重了？
提DNA的时候千万别吹打试剂混匀，我都是悬空滴加试剂
混匀是颠转混匀的，或者用手指轻弹管壁
如果DNA被切断了，确实很容易拖尾

我的胶是25ml的那种小胶（绝对够的），0.8%
电泳时间的话，100V估计跑个40~45min都可以了
缓冲液是0.5X的TBE
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9楼2008-07-08 11:00:49
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长风892

木虫 (著名写手)
噢，谢谢！！！两个高剂量组则无明显拖尾现象的可能原因是什么呢？帮忙分析下，有没有可能是浓度太低了而不明显啊
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10楼2008-07-08 11:11:35
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