24小时热门版块排行榜    

查看: 1535  |  回复: 10
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

36du

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】BSSE基组重叠误差校正,输入格式,分子说明部分

BSSE过程的输入看不懂啊,尤其是分子说明部分,要求的坐标和平时Gaussianview自动生成的坐标不一样啊,请高手指点,那坐标怎么生成,还有就是怎样把体系分成两部分考查结合能。
以下是手册上的例子,看不懂,请指教。

# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt

Counterpoise with Z-matrix

0,1,0,3,1,2
O,0.0,0.0,0.0,1         结构从这里开始
O,1,ROO,2
X,1,1.,2,X3O
H,1,RO1H,3,HOX3,2,90.,0,1
H,1,RO1H,3,HOX3,2,-90.,0,1
X,2,1.,1,52.5,3,180.,0
H,2,RO2H1,6,H7OX,1,180.,0,2
H,2,RO2H2,6,H8OX,1,0.,0,2

Z-矩阵变量...       
# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt

Counterpoise with Cartesian

0,1
1  0.00  0.00  0.92  1
9  0.17  0.00  2.73  2
1  0.77  0.00  3.43  2
9  0.00  0.00  0.00  1

# hf/lanl2dz counterpoise=2 nosymm opt test

HBr + HF, optimization with counterpoise correction using ECP basis

0 1
H   -0.046866  0.   0.586860   1
Br  -0.331864  0.  -0.801000   1
F    0.396755  0.   2.739275   2
H    0.584835  0.   3.641534   2
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

引用回帖:
Originally posted by yuhuobuku at 2008-7-7 12:57:


整体和片段都要定义

直角坐标只需要给出整体的,但内坐标需要给出整体的、片段1、片段2……(前面的好像说错了),我刚看的高斯手册,还有向这种问题我个人认为学习高斯手册就可以了。
前途光明,出路难觅!
11楼2008-07-07 16:59:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

spring965

金虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
Counterpoise=2 就是将你的体系划分为2个子体系,那个1和2就是定义聚合物的子体系1、2,

然后计算它们之间的结合能
2楼2008-07-05 09:49:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuhuobuku

木虫 (正式写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
Counterpoise Method (CP),是一种估计BSSE的近似方法。

Counterpoise=2  是把体系分成两个片段的意思。
第一个例子:
0,1,0,3,1,2                 这一行分别是片段一片段二和整体的电荷和自旋多重度
O,0.0,0.0,0.0,1           用CP计算BSSE时若用内坐标,第一个原子得用笛卡尔坐标
O,1,ROO,2                 最后一个数字2,代表片段2。同理,数字1代表片段1
X,1,1.,2,X3O              虚原子不加入片段,所以最后没数字1和2
H,1,RO1H,3,HOX3,2,90.,0,1
H,1,RO1H,3,HOX3,2,-90.,0,1
X,2,1.,1,52.5,3,180.,0
H,2,RO2H1,6,H7OX,1,180.,0,2
H,2,RO2H2,6,H8OX,1,0.,0,2

第二个例子和第三个例子就是用笛卡尔坐标。坐标后的数字代表片段。

gv能否自动生成分层体系我不清楚,但是自动生成坐标后你自己分层就好了。
薄酒可以忘忧,丑妻可以白头,徐行不必驷马,称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
3楼2008-07-06 08:54:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人

把体系分成两个片段优化的几何和以一个整体优化的几何结构有什么区别吗?

用分成片段的形式优化的几何去计算吸收光谱会有什么不同吗?
4楼2008-07-06 09:13:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 澳大利亚 Murdoch University 全奖博士招生(3个名额)地质化工冶金领域 +15 AI8RaGaPaSCR 2026-08-07 16/800 2026-08-13 17:45 by mhIP3HAX38ZI
[基金申请] FileCode能看出啥? +9 要乐观耀哥 2026-08-10 27/1350 2026-08-13 17:41 by goon12
[基金申请] 静等基金结果 +6 gjjjzhong 2026-08-10 19/950 2026-08-13 17:28 by Tide man
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +4 majunge000 2026-08-11 6/300 2026-08-13 16:50 by 四季常青藤
[基金申请] filecode +14 documentary 2026-08-10 16/800 2026-08-13 16:39 by 润生71
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +9 家与远方 2026-08-10 14/700 2026-08-13 09:41 by 臭臭不臭01
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +22 Lanmanbaby 2026-08-09 36/1800 2026-08-12 22:50 by sdfapple719
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见