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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】BSSE基组重叠误差校正，输入格式，分子说明部分
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36du

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】BSSE基组重叠误差校正，输入格式，分子说明部分

BSSE过程的输入看不懂啊，尤其是分子说明部分，要求的坐标和平时Gaussianview自动生成的坐标不一样啊，请高手指点，那坐标怎么生成，还有就是怎样把体系分成两部分考查结合能。
以下是手册上的例子，看不懂，请指教。

# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt

Counterpoise with Z-matrix

0,1,0,3,1,2
O,0.0,0.0,0.0,1         结构从这里开始
O,1,ROO,2
X,1,1.,2,X3O
H,1,RO1H,3,HOX3,2,90.,0,1
H,1,RO1H,3,HOX3,2,-90.,0,1
X,2,1.,1,52.5,3,180.,0
H,2,RO2H1,6,H7OX,1,180.,0,2
H,2,RO2H2,6,H8OX,1,0.,0,2

Z-矩阵变量...       
# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt

Counterpoise with Cartesian

0,1
1  0.00  0.00  0.92  1
9  0.17  0.00  2.73  2
1  0.77  0.00  3.43  2
9  0.00  0.00  0.00  1

# hf/lanl2dz counterpoise=2 nosymm opt test

HBr + HF, optimization with counterpoise correction using ECP basis

0 1
H   -0.046866  0.   0.586860   1
Br  -0.331864  0.  -0.801000   1
F    0.396755  0.   2.739275   2
H    0.584835  0.   3.641534   2
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1楼 2008-07-04 21:55:17
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spring965

金虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
Counterpoise=2 就是将你的体系划分为2个子体系，那个1和2就是定义聚合物的子体系1、2，

然后计算它们之间的结合能
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2楼2008-07-05 09:49:31
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
Counterpoise Method (CP),是一种估计BSSE的近似方法。

Counterpoise=2  是把体系分成两个片段的意思。
第一个例子：
0,1,0,3,1,2                 这一行分别是片段一片段二和整体的电荷和自旋多重度
O,0.0,0.0,0.0,1           用CP计算BSSE时若用内坐标，第一个原子得用笛卡尔坐标
O,1,ROO,2                 最后一个数字2，代表片段2。同理，数字1代表片段1
X,1,1.,2,X3O              虚原子不加入片段，所以最后没数字1和2
H,1,RO1H,3,HOX3,2,90.,0,1
H,1,RO1H,3,HOX3,2,-90.,0,1
X,2,1.,1,52.5,3,180.,0
H,2,RO2H1,6,H7OX,1,180.,0,2
H,2,RO2H2,6,H8OX,1,0.,0,2

第二个例子和第三个例子就是用笛卡尔坐标。坐标后的数字代表片段。

gv能否自动生成分层体系我不清楚，但是自动生成坐标后你自己分层就好了。
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薄酒可以忘忧，丑妻可以白头，徐行不必驷马，称身不必狐裘平淡才是生活的主旋律
3楼2008-07-06 08:54:16
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lixiaona158

木虫 (著名写手)

自由人
把体系分成两个片段优化的几何和以一个整体优化的几何结构有什么区别吗?

用分成片段的形式优化的几何去计算吸收光谱会有什么不同吗?
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4楼2008-07-06 09:13:56
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
回3楼：
问题一：分片段优化就是考虑了基组重叠误差了吧。BSSE其中一个产生的原因是由于单体A和单体B形成AB时存在分子间相互作用，CP优化只是一定程度上消除了BSSE。优化的结果中有修正能量和基组重叠误差。
问题二：应该不会有什么不同吧。因为你优化的结构在构型上不会有太大差别，只是细微的不同，例如键长可能会差零点几埃。只要结构是你理想的，用什么方法优化的都可以继续算其他性质。

个人意见，仅供参考。
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5楼2008-07-06 10:03:34
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tpp001

金虫 (著名写手)
BSSEj校正最好用笛卡尔坐标。
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
6楼2008-07-06 19:51:35
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36du

银虫 (正式写手)
若用笛卡儿坐标，电荷与自旋多重度怎么定义，只定义整体的吗？还是给片断分别定义？
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7楼2008-07-06 21:50:22
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 36du at 2008-7-6 21:50:
若用笛卡儿坐标，电荷与自旋多重度怎么定义，只定义整体的吗？还是给片断分别定义？

整体和片段都要定义
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8楼2008-07-07 12:57:51
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36du

银虫 (正式写手)
还要请教，例一中0，1，0，3，1，2既然分别是片断1片断2和整体的电荷与自旋多重度，为什么0＋0＝1呢？
例2与例3中为什么只定义了一组呢？是不是也应该把片断1片断2和整体的都定义出来啊？谢谢耐心解答。
自己设置后运行总出错。。。
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9楼2008-07-07 13:59:28
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yuhuobuku

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
引用回帖:
Originally posted by 36du at 2008-7-7 13:59:
还要请教，例一中0，1，0，3，1，2既然分别是片断1片断2和整体的电荷与自旋多重度，为什么0＋0＝1呢？
例2与例3中为什么只定义了一组呢？是不是也应该把片断1片断2和整体的都定义出来啊？谢谢耐心解答。
自己设 ...

第一个问题没看懂。
第二个问题，我只用过内坐标。笛卡尔。。。忘记了。我看了一下说明书，例子上也是这样写的，那可能就是写一个吧。去厦大论坛再问问吧。
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10楼2008-07-07 16:57:39
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