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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 微生物基因组打成片段，用什么方法好？
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zenghy

新虫 (小有名气)

[求助] 微生物基因组打成片段，用什么方法好？

准备进行微生物基因组二代测序，需要自己建立文库，已经提取基因组DNA，需要将基因组打成片段，是用超声波还是酶切的方法好？倾向于后者，后者的话用什么酶比较好？
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1楼 2015-04-15 11:01:30
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zenghy

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by 大孙20111987 at 2015-04-17 10:55:01
超声的条件主要取决于你的基因组或质粒的G+C含量和你所需片段的大小。一般来说如果你的基因组G+C含量在50%左右，80w*2sec*3次，间歇5秒，可让你得到5-15k的片段，若要减小片段长度，可增加超声时间（3sec）或次数（ ...

谢谢楼主啊，我的菌4Mb，GC含量56%，需要用miseq测序，它的读长是2x250bp。
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13楼2015-04-17 15:04:43
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假丝酵母

铁虫 (初入文坛)
我们组都是用的超声波，效果还可以
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2楼2015-04-15 11:59:19
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zenghy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 假丝酵母 at 2015-04-15 11:59:19
我们组都是用的超声波，效果还可以

超声多长时间啊？
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4楼2015-04-15 15:04:10
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zenghy

新虫 (小有名气)
我在网上查有用Sau3AI酶切，结果订购要三周才能到货，我的天哦。第一次做，没经验啊
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5楼2015-04-15 15:06:40
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