24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zenghy

新虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 120.4
帖子: 124
在线: 10.9小时
虫号: 3774348
注册: 2015-03-30
专业: 微生物生理与生物化学

[求助] 微生物基因组打成片段，用什么方法好？

准备进行微生物基因组二代测序，需要自己建立文库，已经提取基因组DNA，需要将基因组打成片段，是用超声波还是酶切的方法好？倾向于后者，后者的话用什么酶比较好？

回复此楼

» 猜你喜欢

最近几年招的学生写论文不引自己组发的文章已经有9人回复
带资进组求博导收留已经有8人回复
26申博自荐已经有4人回复
A期刊撤稿已经有4人回复

1楼 2015-04-15 11:01:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

大孙20111987

新虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 643.3
红花: 1
帖子: 143
在线: 32.3小时
虫号: 1413382
注册: 2011-09-22
性别: MM
专业: 微生物遗传育种学

引用回帖:

10楼: Originally posted by zenghy at 2015-04-16 17:13:43
都没查到有用的文献，都是用Covaris® instrument打成需要的片段，这些家伙真有钱...

超声的条件主要取决于你的基因组或质粒的G+C含量和你所需片段的大小。一般来说如果你的基因组G+C含量在50%左右，80w*2sec*3次，间歇5秒，可让你得到5-15k的片段，若要减小片段长度，可增加超声时间（3sec）或次数（如4次），另外G+C含量越小，则功率也要相应减小,间歇时间延长。
若不知道你的菌的具体情况，你可先拿60w*2sec*3次，间歇5秒，先试一下，然后跑电泳看看，再根据电泳情况决定是增加超声次数或加大功率