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zenghy

新虫 (小有名气)

[求助] 微生物基因组打成片段,用什么方法好?

准备进行微生物基因组二代测序,需要自己建立文库,已经提取基因组DNA,需要将基因组打成片段,是用超声波还是酶切的方法好?倾向于后者,后者的话用什么酶比较好?
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大孙20111987

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by zenghy at 2015-04-16 17:13:43
都没查到有用的文献,都是用Covaris® instrument打成需要的片段,这些家伙真有钱...

超声的条件主要取决于你的基因组或质粒的G+C含量和你所需片段的大小。一般来说如果你的基因组G+C含量在50%左右,80w*2sec*3次,间歇5秒,可让你得到5-15k的片段,若要减小片段长度,可增加超声时间(3sec)或次数(如4次),另外G+C含量越小,则功率也要相应减小,间歇时间延长。
若不知道你的菌的具体情况,你可先拿60w*2sec*3次,间歇5秒,先试一下,然后跑电泳看看,再根据电泳情况决定是增加超声次数或加大功率

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做好自己,坚持到底
12楼2015-04-17 10:55:01
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假丝酵母

铁虫 (初入文坛)

我们组都是用的超声波,效果还可以
2楼2015-04-15 11:59:19
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zenghy

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 假丝酵母 at 2015-04-15 11:59:19
我们组都是用的超声波,效果还可以

超声多长时间啊?
4楼2015-04-15 15:04:10
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zenghy

新虫 (小有名气)

我在网上查有用Sau3AI酶切,结果订购要三周才能到货,我的天哦。第一次做,没经验啊
5楼2015-04-15 15:06:40
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