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zwf0919

木虫 (正式写手)

[求助] 问一些关于引物和RNA超弱的问题哈~~~ 已有2人参与

偏材料方向的,为了做应用,不得不赶鸭子上架做点生物方面的东西了。我的问题可能很弱,希望大家多指点了,金币不够都可以加。

过程呢就是用一个引物检测一段RNA序列,引物和RNA都是生物公司合成的,细节上好多就不明白了:
1. 引物和RNA该怎么保存呢
    我看有的帖子说引物用超纯水稀释了,放-20度,这个水里面要加抑制引物分解的东西吗,类似于RNase抑制剂的?还有,要不要用buffer稀释,文献里面貌似用的是引物的buffer溶液?
    RNA说明书给的是用含DEPC-DW的buffer溶解后存于-20度。这DEPC-DW跟买的DEPC水是一样吗?还有,含DEPC-DW的buffer,是先把DEPC加到buffer里再灭菌,还是配个高点浓度的buffer灭完菌以后再用DEPC水稀释?

2.引物和和RNA杂化的温度
   我的引物是22个碱基,我查了一个公式是Tc=4 °C×(GC)+2×°C(AT),这样算出来62 °C左右,靠谱吗?
   我看过一个文献用的双温度杂交的,target序列=probe序列+reporter序列,probe序列先跟target序列杂交的时候是42°C,target上剩下的序列再跟reporter序列杂交的时候是64°C,这个温度选择有没有什么讲究?

3.操作环境
   这个实验大概要怎样的环境条件,我们实验室有超净工作台,有高温灭菌。
   我看文献上用了一个rotating  hybridization  incubator,直译过来就旋转杂交仪,这个我们没有,这个是不是必须的?我可以用其他的方法代替么,比如水浴控制温度什么的?

艾玛问了好多,希望能有虫子不嫌烦,不吝赐教,谢谢!
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zwf0919(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-04-13 19:37:29
zwf0919: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-04-14 15:36:06
引物可以用ddH2O稀释,但不能长期保存,因为水的pH下降,酸性条件下引物易降解,建议用pH=8.0的TE稀释放在-20度保存,引物的Tm建议以生物公司的引物说明书计算的为准。
兴趣是第一导师,我爱它,因此我毫无疲倦的探索
2楼2015-04-13 16:58:34
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zwf0919

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hkqgeoffrey at 2015-04-13 16:58:34
引物可以用ddH2O稀释,但不能长期保存,因为水的pH下降,酸性条件下引物易降解,建议用pH=8.0的TE稀释放在-20度保存,引物的Tm建议以生物公司的引物说明书计算的为准。

谢谢帮忙哈,那RNA的储存呢,有没有什么讲究的?还有杂交仪是不是必须的?能不能用水浴代替呢?
3楼2015-04-14 15:39:16
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bbqlhb

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zwf0919: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-04-15 10:18:18
引用回帖:
3楼: Originally posted by zwf0919 at 2015-04-14 15:39:16
谢谢帮忙哈,那RNA的储存呢,有没有什么讲究的?还有杂交仪是不是必须的?能不能用水浴代替呢?...

你要不要水浴我不知道,但是那个旋转杂交仪是常温就行,然后样本放那让它旋转混匀而已。
4楼2015-04-14 15:59:23
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zwf0919: 金币+5, ★有帮助 2015-04-15 10:19:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by zwf0919 at 2015-04-14 15:39:16
谢谢帮忙哈,那RNA的储存呢,有没有什么讲究的?还有杂交仪是不是必须的?能不能用水浴代替呢?...

RNA一般是不用于长期保存的,如果一定要长期保存可以反转录成DNA可以长期保存,因为RNA的保存条件较DNA更严格也更容易降解

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
兴趣是第一导师,我爱它,因此我毫无疲倦的探索
5楼2015-04-15 08:49:30
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