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honeyzhao金虫 (正式写手)
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autodock给没有添加上电荷的原子手动添加电荷应该加多少？有什么依据没？ 已有1人参与
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| 本人在做autodock对接时，配体受体分子中含有金属离子K，当PDB文件转换到PDBQT文件时，会出现K和边上几个O原子未添加上电荷，请问我是否应该按金属离子的化合价添加，然后把电荷给氧原子一平均的办法呢？看了一些资料说这样添加是肯定添加多了，增加了这些电荷静电的影响.请问各位大神我应该依据什么给原子添加电荷？诚挚请教！谢谢！ |
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