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honeyzhao金虫 (正式写手)
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[求助]
autodock给没有添加上电荷的原子手动添加电荷应该加多少?有什么依据没? 已有1人参与
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| 本人在做autodock对接时,配体受体分子中含有金属离子K,当PDB文件转换到PDBQT文件时,会出现K和边上几个O原子未添加上电荷,请问我是否应该按金属离子的化合价添加,然后把电荷给氧原子一平均的办法呢?看了一些资料说这样添加是肯定添加多了,增加了这些电荷静电的影响.请问各位大神我应该依据什么给原子添加电荷?诚挚请教!谢谢! |
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