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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock给没有添加上电荷的原子手动添加电荷应该加多少？有什么依据没？
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honeyzhao

金虫 (正式写手)

[求助] autodock给没有添加上电荷的原子手动添加电荷应该加多少？有什么依据没？ 已有1人参与

本人在做autodock对接时，配体受体分子中含有金属离子K，当PDB文件转换到PDBQT文件时，会出现K和边上几个O原子未添加上电荷，请问我是否应该按金属离子的化合价添加，然后把电荷给氧原子一平均的办法呢？看了一些资料说这样添加是肯定添加多了，增加了这些电荷静电的影响.请问各位大神我应该依据什么给原子添加电荷？诚挚请教！谢谢！
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1楼 2015-04-08 17:45:06
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
honeyzhao: 金币+20, ★有帮助, 这个我知道，但有的ADT中用的babel是加不上电荷的，可以人为加，就是不知道加多少 2015-04-14 09:22:53
autodock源文件中可以添加金属离子的参数，然后可以运行autogrid和autodock
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2楼2015-04-10 20:54:09
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邹超jmu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-04-10 20:54:09
autodock源文件中可以添加金属离子的参数，然后可以运行autogrid和autodock

可以说一下具体操作吗
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3楼2019-10-28 21:49:24
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