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honeyzhao

金虫 (正式写手)

[求助] autodock给没有添加上电荷的原子手动添加电荷应该加多少?有什么依据没? 已有1人参与

本人在做autodock对接时,配体受体分子中含有金属离子K,当PDB文件转换到PDBQT文件时,会出现K和边上几个O原子未添加上电荷,请问我是否应该按金属离子的化合价添加,然后把电荷给氧原子一平均的办法呢?看了一些资料说这样添加是肯定添加多了,增加了这些电荷静电的影响.请问各位大神我应该依据什么给原子添加电荷?诚挚请教!谢谢!
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pymol

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【答案】应助回帖

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honeyzhao: 金币+20, 有帮助, 这个我知道,但有的ADT中用的babel是加不上电荷的,可以人为加,就是不知道加多少 2015-04-14 09:22:53
autodock源文件中可以添加金属离子的参数,然后可以运行autogrid和autodock
2楼2015-04-10 20:54:09
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邹超jmu

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2015-04-10 20:54:09
autodock源文件中可以添加金属离子的参数,然后可以运行autogrid和autodock

可以说一下具体操作吗
3楼2019-10-28 21:49:24
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