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dblydxgl金虫 (小有名气)
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[求助]
单倍型haplotype 重构 nucleotide diversity Tajima'D
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新人，最近在用PHASE 重构单倍型，但是按照文章上面的参数跑了十天，还有还几个没有出结果，担心是不是有点问题？ 一般用DNAsp分析核苷酸多态性会要求输入文件是单体型，所以就用单独的PHASE 软件重构，但是我的数据杂合度大，而且可能有点位点还有测序错误，有没有人遇到过这种情况。有些文章也会用其他软件(比如Beagle)分析nucleotide diversity，Tajima'D，但是没有试过，不知道有没有推荐使用? 因为DNPsp 可以输入基因区域，很多的参考文章都用这个软件，所以这里采用这个软件 另外一个问题是，在PHASE软件处理以后，有些位点的单倍型或基因型不是确定的，就是用圆括号或者方括号括起来，但是也会给出每个个体出现概率最大的那个单倍型组合，请问这样的话，如何取舍这些位点，是直接用概率最高的那个组合输入DNAsp吗？ 谢谢~~ |
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dblydxgl
金虫 (小有名气)
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- 性别: GG
- 专业: 水产生物遗传育种学
3楼2015-10-21 00:28:42
4楼2015-10-21 22:08:49
