| 查看: 1227 | 回复: 4 | ||
dblydxgl金虫 (小有名气)
|
[求助]
单倍型haplotype 重构 nucleotide diversity Tajima'D
|
|
新人，最近在用PHASE 重构单倍型，但是按照文章上面的参数跑了十天，还有还几个没有出结果，担心是不是有点问题？ 一般用DNAsp分析核苷酸多态性会要求输入文件是单体型，所以就用单独的PHASE 软件重构，但是我的数据杂合度大，而且可能有点位点还有测序错误，有没有人遇到过这种情况。有些文章也会用其他软件(比如Beagle)分析nucleotide diversity，Tajima'D，但是没有试过，不知道有没有推荐使用? 因为DNPsp 可以输入基因区域，很多的参考文章都用这个软件，所以这里采用这个软件 另外一个问题是，在PHASE软件处理以后，有些位点的单倍型或基因型不是确定的，就是用圆括号或者方括号括起来，但是也会给出每个个体出现概率最大的那个单倍型组合，请问这样的话，如何取舍这些位点，是直接用概率最高的那个组合输入DNAsp吗？ 谢谢~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
透明质酸酶的作用机制：如何实现药物递送
已经有0人回复
-
爱思维尔旗下LWT投稿
已经有9人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有163人回复
-
替拉扎明为缺氧选择性细胞毒药物研究提供新思路
已经有0人回复
-
拉坦前列腺素(Latanoprost)：前列腺素F2α衍生物如何成为青光眼一线用药
已经有0人回复
-
卟啉家族中的明星分子：MESO-四(3,5-二溴-4-羟基苯基)卟啉的性质与制备
已经有1人回复
-
宠物寄生虫防治：氟雷拉纳阻断GABA受体，持效12周驱杀跳蚤蜱虫
已经有0人回复
-
为呼吸打开通道：依伐卡托的科学之旅
已经有1人回复
-
Dordaviprone（ONC201）：小分子药物在中线胶质瘤中的应用
已经有0人回复
-
依喜替康：新型喜树碱衍生物的研究进展
已经有1人回复
-
膀胱癌靶向治疗新选择：厄达替尼作用机制与耐药研究进展
已经有0人回复
2楼2015-10-21 00:00:33
dblydxgl
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1226.7
- 散金: 935
- 红花: 2
- 帖子: 153
- 在线: 228.5小时
- 虫号: 1268749
- 注册: 2011-04-18
- 性别: GG
- 专业: 水产生物遗传育种学
3楼2015-10-21 00:28:42
4楼2015-10-21 22:08:49
5楼2018-02-28 14:17:10
5