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葵cc_

木虫 (小有名气)

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[交流] 如何用vmd看neb的结果已有5人参与

想用vasp计算原子在表面的扩散势垒，通过NEB，计算出结果之后，使用nebmovie.pl 产生了movie和movie.vasp 两个文件。本人使用的vasp版本是5.3的，NEB是http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html 网站上的Version: 3.1, Mar. 28, 2014 (compatible with vasp.5.3.x)版本。
查找了小木虫上一些入门资料，都是用nebmovie.pl 产生了movie和movie.xyz两个文件，我的问题：
（1）不知道movie.vasp和movie.xyz这两个文件是不是就是一样的
（2）movie.vasp和movie.vasp这两个文件要怎么看，读不懂
（3）尝试用vmd观察这两个文件，但好像不成功，请问有人能介绍一下怎么用vmd看neb的结果吗？
谢谢~~~

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1楼 2015-04-07 17:17:00

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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

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1. movie.vasp格式的可能与POSCAR格式类似的文件，只不过把多个POSCAR合并写到了一个文件。里面除了原子坐标信息，还有晶格矢量的信息。而movie.xyz是xyz格式的文件，里面只还有原子坐标和原子个数之类的信息，它里面可能包含了多个结构。
2.这两个文件都是文本格式的文件，打开直接可读的。要显示的话，jmol就可以直接显示movie.xyz文件，并显示出每个结构。
3.那你问题是属于如何使用vmd了。操作步骤不当。在用vmd软件load文件时，选择一下文件的格式。前者选择vasp poscar格式，后者选择xyz。
在网上找找vmd的使用。
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node3.html