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如何用vmd看neb的结果 已有5人参与
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想用vasp计算原子在表面的扩散势垒，通过NEB，计算出结果之后，使用nebmovie.pl 产生了movie和movie.vasp 两个文件。本人使用的vasp版本是5.3的，NEB是http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html 网站上的Version: 3.1, Mar. 28, 2014 (compatible with vasp.5.3.x)版本。 查找了小木虫上一些入门资料，都是用nebmovie.pl 产生了movie和movie.xyz两个文件，我的问题： （1）不知道movie.vasp和movie.xyz这两个文件是不是就是一样的 （2）movie.vasp和movie.vasp这两个文件要怎么看，读不懂 （3）尝试用vmd观察这两个文件，但好像不成功，请问有人能介绍一下怎么用vmd看neb的结果吗？ 谢谢~~~ |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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1. movie.vasp格式的可能与POSCAR格式类似的文件，只不过把多个POSCAR合并写到了一个文件。里面除了原子坐标信息，还有晶格矢量的信息。而movie.xyz是xyz格式的文件，里面只还有原子坐标和原子个数之类的信息，它里面可能包含了多个结构。 2.这两个文件都是文本格式的文件，打开直接可读的。要显示的话，jmol就可以直接显示movie.xyz文件，并显示出每个结构。 3.那你问题是属于如何使用vmd了。操作步骤不当。在用vmd软件load文件时，选择一下文件的格式。前者选择vasp poscar格式，后者选择xyz。 在网上找找vmd的使用。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... ial-html/node3.html |
5楼2016-06-19 20:03:02