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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】The distance between some ions is very small
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ustbwgs

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】The distance between some ions is very small

distr:  one band on    1 nodes,    8 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  1 types and  248 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, standard interpolation

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|           W    W    AA    RRRRR   N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|           W    W   A  A   R    R  NN   N  II  NN   N  G    G  !!!           |
|           W    W  A    A  R    R  N N  N  II  N N  N  G       !!!           |
|           W WW W  AAAAAA  RRRRR   N  N N  II  N  N N  G  GGG   !            |
|           WW  WW  A    A  R   R   N   NN  II  N   NN  G    G                |
|           W    W  A    A  R    R  N    N  II  N    N   GGGG   !!!           |
|                                                                             |
|      The distance between some ions is very small                           |
|      please check the nearest neigbor list in the OUTCAR file               |
|          I HOPE YOU KNOW, WHAT YOU ARE  DOING                               |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup


能正常运行，但是收敛不了，以前也做过类似的原胞，原子之间的距离一直是用的同一个数啊，怎么这次出现这种错误了呢？？？？？？
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1楼 2011-01-08 20:42:19
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kmw.8668

金虫 (正式写手)
★
zhang668(金币+1):多谢交流 2011-01-08 21:27:55
ustbwgs(金币+2): 2011-01-08 22:29:19
你是不是INCAR中的参数设的有问题？或者是有的细微地方你马虎了？
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2楼2011-01-08 21:22:58
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
zhang668(金币+1):多谢交流 2011-01-08 21:28:03
ustbwgs(金币+2): 2011-01-08 22:29:37
check the nearest neigbor list in the OUTCAR file
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3楼2011-01-08 21:25:09
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingmou at 2011-01-08 21:25:09:
check the nearest neigbor list in the OUTCAR file

怎么查呢，你说的这句话提示上就有，我也查了没找到啊
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4楼2011-01-08 22:28:58
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
[quote]Originally posted by kmw.8668 at 2011-01-08 21:22:58:
你是不是INCAR中的参数设的有问题？或者是有的细微地方你马虎了？ [/quo
没有什么错误啊，我又检查了一遍，和我以前用的一模一样啊
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5楼2011-01-08 22:38:44
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
zhang668(金币+1):多谢交流 2011-01-08 23:13:29
warning的话就忽略算了，以前遇到过，如果计算没有停止，应该是没有问题的
如果计算中断，应该就是原子聚集了，这个一定要小心
收敛不了的话试试放低一些精度试试可不可以收敛
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6楼2011-01-08 22:40:01
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2011-01-08 22:40:01:
warning的话就忽略算了，以前遇到过，如果计算没有停止，应该是没有问题的
如果计算中断，应该就是原子聚集了，这个一定要小心
收敛不了的话试试放低一些精度试试可不可以收敛

我用的是力收敛，精度是-1E-2，可是它的结果来看，力一直是好几百呢（我的原子数有200多），
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7楼2011-01-08 22:53:43
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
zhang668(金币+1):多谢交流 2011-01-08 23:13:37
引用回帖:
Originally posted by ustbwgs at 2011-01-08 22:53:43:

我用的是力收敛，精度是-1E-2，可是它的结果来看，力一直是好几百呢（我的原子数有200多），

那不能放低了，一样的体系能算过吗
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8楼2011-01-08 22:54:56
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gloomy2004

金虫 (著名写手)
★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢提示 2011-01-09 09:26:30
引用回帖:
Originally posted by ustbwgs at 2011-01-08 22:28:58:

怎么查呢，你说的这句话提示上就有，我也查了没找到啊

outcar 里面有 nearest ion distance， 你去查查， 是不是小的离谱了？如果是， 那一定是你设置错了。
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9楼2011-01-09 05:10:30
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-09 05:10:30:


outcar 里面有 nearest ion distance， 你去查查， 是不是小的离谱了？如果是， 那一定是你设置错了。

ion  position               nearest neighbor table
   1  0.683  0.777  0.012-   6 1.41 266 1.42  16 1.42
   2  0.293  0.760  0.012-   7 1.41 267 1.42  17 1.42
   3  0.189  0.383  0.012-   8 1.41 268 1.42  18 1.42
   4  0.515  0.168  0.012-   9 1.41 269 1.42  19 1.42
   5  0.820  0.412  0.012-  10 1.41 270 1.42  20 1.42
   6  0.750  0.719  0.024-   1 1.41  21 1.42 271 1.42
   7  0.369  0.806  0.024-   2 1.41  22 1.42 272 1.42
   8  0.169  0.470  0.024-   3 1.41  23 1.42 273 1.42
有这么多列分别是什么意思呢？？？？前面的4列是原子标号和原子坐标，后面的6列呢，一个整数接一个实数》分别对应什么意思呢
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10楼2011-01-09 15:09:21
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gloomy2004

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2011-01-10 08:16:01
ustbwgs(金币+2): 2011-01-10 10:21:19
引用回帖:
Originally posted by ustbwgs at 2011-01-09 15:09:21:

ion  position               nearest neighbor table
   1  0.683  0.777  0.012-   6 1.41 266 1.42  16 1.42
   2  0.293  0.760  0.012-   7 1.41 267 1.42  17 1.42
   3  0.189  0.383  0.012-   8 1. ...

我不知道，期望有人能给出详解。我每次都是直接查距离，比如其中的1.41， 1.42。如果距离太小，肯定设置有问题，就调整设置。发现过几次，都是设置错了导致的。如果1.41，1.42对于你的体系，距离还算合理，你就不必理会。
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11楼2011-01-10 05:07:28
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gloomy2004 at 2011-01-10 05:07:28:


我不知道，期望有人能给出详解。我每次都是直接查距离，比如其中的1.41， 1.42。如果距离太小，肯定设置有问题，就调整设置。发现过几次，都是设置错了导致的。如果1.41，1.42对于你的体系，距离还算合理，你 ...

你说的设置就是调整POSCAR吧，非常谢谢
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12楼2011-01-10 10:22:14
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2011-01-11 22:52:06
ustbwgs(金币+3): 2011-01-11 23:36:16
ustbwgs(金币+3): 2011-01-11 23:36:38
LZ,我也曾遇到过这个问题，在论坛上求助过，主要应该还是构型的问题，应该是胞建的不合理造成的。
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13楼2011-01-11 20:46:27
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fzuvivi at 2011-01-11 20:46:27:
LZ,我也曾遇到过这个问题，在论坛上求助过，主要应该还是构型的问题，应该是胞建的不合理造成的。

我也记得当时有人提问过，前两天我还找那个问题，也没找到，后来你是怎么解决得
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14楼2011-01-11 23:35:15
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cbFeng200881

金虫 (著名写手)
★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢提示 2011-01-12 17:23:13
POTIM=0.05
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15楼2011-01-12 02:02:13
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yzhang2010

金虫 (小有名气)
★
zhang668(金币+1):多谢交流 2011-01-12 14:50:21
这个问题我遇到过，很简单，POSCAR设置的问题
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17楼2011-01-12 10:54:19
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yzhang2010

金虫 (小有名气)
★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢提示 2011-01-12 17:22:50
ustbwgs(金币+8): 2011-01-13 09:28:04
你把POSCAR中的坐标靠边对其就没问题了
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18楼2011-01-12 16:37:59
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fzuvivi

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gzqdyouxia(金币+1):谢谢交流 2011-01-14 11:06:21
引用回帖:
Originally posted by ustbwgs at 2011-01-11 23:35:15:

我也记得当时有人提问过，前两天我还找那个问题，也没找到，后来你是怎么解决得

我后面还是重新建了构型，ICSD导出的结构不一定靠的住，最好把相关的文献找到，然后建构型。LZ还是好好再琢磨下构型好了

祝成功哈！
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19楼2011-01-14 10:22:42
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zyxme16楼
2011-01-12 04:26   回复  
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