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zc210

新虫 (正式写手)

[交流] 请教氢键问题

晶体投稿回复说,platon 显示我化合物结构含有8个氢键,并且要求我用表格列出氢键。我的化合物是用SHELXTL 精修的(别人做的),并没有发现氢键,现在说有氢键,我应该怎么做?需要重新精修的吗?用 platon 来精修吗? 怎么用 platon 精修找出氢键? 我对platon 不熟悉,希望大家指点。不胜感激!!!!!!!!!!!!!
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曾因醉酒鞭名马,最怕情多累美人!
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yejun4321

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by gujm516 at 2008-6-29 15:58:
用Mercury软件(在http://www.ccdc.cam.ac.uk免费服务栏可下载)打开CIF文件,复选氢键或短接触框,可以看到氢键或短接触。
   
      用右上方的测量工具测量这些氢键(或短接触)的键长和键角并记 ...

自己测量然后编的? 你真强大
5楼2008-06-30 00:34:51
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gujm516

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
zc210(金币+5,VIP+0):非常感谢,我先试试!
用Mercury软件(在http://www.ccdc.cam.ac.uk免费服务栏可下载)打开CIF文件,复选氢键或短接触框,可以看到氢键或短接触。
   
      用右上方的测量工具测量这些氢键(或短接触)的键长和键角并记下。

      自己编一段氢键列表,如下格式:
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag
  O51 H51 O34  0.84 2.25   3.005(18)  150      .     n
  N1  H1B O23  0.92 1.85   2.760(11)  172  1_445 y
2楼2008-06-29 15:58:13
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

★ ★
zc210(金币+2,VIP+0):谢谢!
你的ins文件有没有加上HTAB啊  没有的话就不会出来氢键的
好像platon也会给出氢键的啊
3楼2008-06-29 16:27:31
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limingtiaan2

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
zc210(金币+2,VIP+0):谢谢指点
除了楼上讲的原因之外,还有种可能是,氢键全部为非经典的氢键,比如C-H...O等,那样也是不出现在CIF里的,要是自己补充的,编辑方法如上!
永远有多远?没有答案,海枯石烂!
4楼2008-06-29 19:18:35
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