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五分音

新虫 (初入文坛)

[求助] gaussview 打开 chk/fchk 文件出现错误 (计算NMR化学位移) 已有3人参与

我用windows的gaussview和gaussian09进行分子结构优化(opt)和化学位移的计算(NMR)。
计算的过程是在集群的linux系统上进行。
通过formchk指令已经可以将linux下生成的chk文件转问fchk文件从而用windows下的gaussview打开。

现在的问题是
之前计算单分子都没有问题。计算两个分子时,结构优化也可以进行,但随后的NMR计算得到的fchk文件要打开时却遇到Error
CConnectionGFCHK:arse_GFCHK()
Missing or bad data: RBond
Line Number 451

然后我又用自己的电脑在windows下run了一遍,得到的chk文件也出现同样的问题,只是Line Number不一样
所以我怀疑会不会是设置不对
我用的参数是# nmr=giao rb3lyp/6-311+g(2d,p) geom=connectivity

求大神帮忙,谢谢!
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小范范1989

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
五分音: 金币+1, 有帮助 2015-04-03 15:28:43
在Linux下或Windows写字板打开,把independent改成independant保存之后就可以打来了。恩 之前有人问过类似的问题。
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
2楼2015-03-31 14:54:11
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oyezzy

铁虫 (小有名气)

将fchk文件中的开头部分中有一行
Number of independent functions

将其中的 independent 改成 independant 就行了
初来乍到多多关照
3楼2015-03-31 14:56:19
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

呵呵,这就典型的英式英语和美式英语互相较劲导致的一个拙劣的错误。
grey gray
color colour
independent independant
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2015-03-31 15:51:19
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五分音

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-03-31 14:54:11
在Linux下或Windows写字板打开,把independent改成independant保存之后就可以打来了。恩 之前有人问过类似的问题。

不是这个问题。改了还是打不开。
之前有人问的是’Missing or bad data: Alpha Orbital Energies‘,不一样。
我算单个分子得到的fchk文件都能正常打开。
而且,我直接在自己电脑上(windows)run gaussian,得到的chk文件也音同样的错误打不开。

谢谢
5楼2015-03-31 19:31:39
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五分音

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by oyezzy at 2015-03-31 14:56:19
将fchk文件中的开头部分中有一行
Number of independent functions

将其中的 independent 改成 independant 就行了

不是这个问题。改了还是打不开。
之前有人问的是’Missing or bad data: Alpha Orbital Energies‘,不一样。
我算单个分子得到的fchk文件都能正常打开。
而且,我直接在自己电脑上(windows)run gaussian,得到的chk文件也音同样的错误打不开。

谢谢
6楼2015-03-31 19:54:25
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
五分音: 金币+2, 有帮助 2015-04-03 15:28:35
已经算完,且得到chk文件了说明输入没有什么问题。
如果只是想得到结果,那打开输出文件就可以了

或许是你的gaussview有问题

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-04-01 06:05:54
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)


还有它提示line451,那你就应该看那行是什么问题

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2015-04-01 06:07:29
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五分音

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by qchem at 2015-04-01 06:07:29
还有它提示line451,那你就应该看那行是什么问题

从200多行开始的几千行都是Primitive exponents。一堆数字没什么区别
9楼2015-04-01 14:37:22
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子夜舞歌

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
五分音: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-04-03 15:28:23
本帖内容被屏蔽

10楼2015-04-02 00:47:29
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