应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急求。PMF收敛问题求助
51/1返回列表
查看: 3023  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yylcx

金虫 (正式写手)

[求助] 急求。PMF收敛问题求助 已有1人参与

各位虫友好，我是用MAMD模拟生物跨膜体系，利用ABF方法算出的PMF。但是关于PMF的部分，审稿人给出这样的意见“The PMF results do not have any errors associated and no probe of the convergence of these simulations is shown in any part of the manuscript. This analysis should be included in a new version of the paper.”  请问其中的“ the convergence of these simulations”是指什么呢，应该怎么回答呢？ 多谢多谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学

» 猜你喜欢
1楼 2015-03-19 11:07:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红颜不美

金虫 (正式写手)
您好，我想问一下您用ABF算的pmf值最后是怎么处理的？我看到教程上自由能值得到的正值 但是在处理后就变成了负值？谢谢您
赞一下 回复此楼
计算模拟biubiu
8楼2015-05-07 14:25:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yylcx(abinitio代发): 金币+20, 鼓励交流. 正解 2015-03-20 08:00:26
说白了就是要你的PMF图里面要加上error bar，error bar太大的话说明你的采样不足PMF计算没有收敛，需要多跑一段时间。好好研究一下怎么做你的PMF计算的误差分析吧。
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2015-03-19 11:14:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-19 11:14:13
说白了就是要你的PMF图里面要加上error bar，error bar太大的话说明你的采样不足PMF计算没有收敛，需要多跑一段时间。好好研究一下怎么做你的PMF计算的误差分析吧。

误差分析。。。。直接用origin加error bar可以么。。。
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-19 14:37:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yylcx at 2015-03-18 18:37:55
误差分析。。。。直接用origin加error bar可以么。。。...

画图的话应该可以这么弄。

另外，为了证明convergence，可以多跑一段时间，再算个PMF出来，如果PMF跟之前的PMF比相差很小，则说明收敛了，这个分析可以附在supporting information里。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2015-03-20 07:49:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 275求调剂 +4 Micky11223 2026-03-25 6/300 2026-03-26 08:52 by 提出方法的提出�
[考研] 311求调剂 +4 勇敢的小吴 2026-03-20 4/200 2026-03-25 18:12 by xcjcqu
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 300分，材料，求调剂，英一数二 +5 超赞的 2026-03-24 5/250 2026-03-24 21:07 by 星空星月
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考博] 申博26年 +4 八6八68 2026-03-19 4/200 2026-03-24 15:49 by 小Ben呵呵
[考研] 321求调剂 +4 Ymlll 2026-03-24 4/200 2026-03-24 14:44 by sprinining
[考研] 277分求调剂，跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 336求调剂 +4 收到VS 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:02 by macy2011
[考研] 276求调剂 +3 YNRYG 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:31 by 醉在风里
[考研] 一志愿东华大学化学070300，求调剂 +7 2117205181 2026-03-21 8/400 2026-03-22 22:55 by chixmc
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 材料学硕301分求调剂 +7 Liyouyumairs 2026-03-21 7/350 2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 296求调剂 +4 www_q 2026-03-20 4/200 2026-03-21 17:26 by 学员8dgXkO
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-20 3/150 2026-03-21 16:46 by barlinike
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 261求B区调剂，科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭