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急求。PMF收敛问题求助已有1人参与
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| 各位虫友好，我是用MAMD模拟生物跨膜体系，利用ABF方法算出的PMF。但是关于PMF的部分，审稿人给出这样的意见“The PMF results do not have any errors associated and no probe of the convergence of these simulations is shown in any part of the manuscript. This analysis should be included in a new version of the paper.” 请问其中的“ the convergence of these simulations”是指什么呢，应该怎么回答呢？ 多谢多谢 |
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 分子动力学 |
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2楼2015-03-19 11:14:13
3楼2015-03-19 14:37:55
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4楼2015-03-20 07:49:25
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再多跑一段时间估计我的时间就太紧张了，我这个体系一个PMF下来少说要一个多星期。我还想请教一个问题，就是我在NAMD官网的很多自由能教程里面看到说：通过各个分窗口的.count文件或者.grad文件也可以判断PMF是否收敛。如果PMF收敛了，则各个窗口的counts should increase uniformly。或者是plot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries。但是我还是不太明白这是什么意思呢？“增加一致”和“窗口连续性”.......  |
5楼2015-03-23 16:00:16
lsloneil
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我没用过NAMD，也没用过Adaptive Biasing Force (ABF)计算过PMF，以下仅为我个人的解释,可能不太严谨。 根据我的理解，ABF跟metadynamics有些类似，也是一种增强抽样(enhanced sampling）的方法。其实现方法是在模拟过程中施加biasing force，逐渐把粒子从势能面上的坑中拉出来。当势能面上的坑被填平后，粒子相当于在一个沿反应坐标自由能处处相等的势能面上运动，这时采样可以认为收敛了，就可以根据biasing force求出PMF。 我想你关于收敛的判据可能是来自这个文档： http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... nel/channel-tut.pdf 里面提到三种判断收敛的方法 1. One way to assess convergence is to plot sequential PMFs and observe any changes as the simulation progresses 这就是我之前回帖提到的判据，多跑一段时间，观察PMF的变化。 2. You can also plot the counts, which measure the number of times each bin has been sampled. 这条也不难理解，当采样收敛后，粒子在一个自由能处处相等的势能面上运动，那么在反应坐标为任何值处出现的概率是均等的，所以假如你把体系处于各个反应坐标(each bin along the reaction coordinate）的频率画出来的话，得到的是一个均匀的分布。 3. As another way to judge convergence, you can plot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries. 这也不是太难理解。为了方便采样我们把整个反应坐标划分成了几个窗口。因为PMF是连续函数，所对应的力（PMF的导数)应该也是连续函数，那么当采样收敛后，这个力在每相邻两个窗口的交界处应该是连续的。 感觉你对这种方法的原理还是不太了解。建议你有时间的话，阅读一下相关的文献，深入了解一下ABF的原理。 |
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yylcx6楼2015-03-24 09:12:39
7楼2015-03-24 10:48:43
8楼2015-05-07 14:25:39
9楼2015-11-23 10:29:51