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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急求。PMF收敛问题求助
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yylcx

金虫 (正式写手)

[求助] 急求。PMF收敛问题求助 已有1人参与

各位虫友好，我是用MAMD模拟生物跨膜体系，利用ABF方法算出的PMF。但是关于PMF的部分，审稿人给出这样的意见“The PMF results do not have any errors associated and no probe of the convergence of these simulations is shown in any part of the manuscript. This analysis should be included in a new version of the paper.”  请问其中的“ the convergence of these simulations”是指什么呢，应该怎么回答呢？ 多谢多谢
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1楼 2015-03-19 11:07:51
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yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-19 11:14:13
说白了就是要你的PMF图里面要加上error bar，error bar太大的话说明你的采样不足PMF计算没有收敛，需要多跑一段时间。好好研究一下怎么做你的PMF计算的误差分析吧。

误差分析。。。。直接用origin加error bar可以么。。。
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3楼2015-03-19 14:37:55
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yylcx(abinitio代发): 金币+20, 鼓励交流. 正解 2015-03-20 08:00:26
说白了就是要你的PMF图里面要加上error bar，error bar太大的话说明你的采样不足PMF计算没有收敛，需要多跑一段时间。好好研究一下怎么做你的PMF计算的误差分析吧。
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2楼2015-03-19 11:14:13
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yylcx at 2015-03-18 18:37:55
误差分析。。。。直接用origin加error bar可以么。。。...

画图的话应该可以这么弄。

另外，为了证明convergence，可以多跑一段时间，再算个PMF出来，如果PMF跟之前的PMF比相差很小，则说明收敛了，这个分析可以附在supporting information里。
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4楼2015-03-20 07:49:25
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yylcx

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-20 07:49:25
画图的话应该可以这么弄。

另外，为了证明convergence，可以多跑一段时间，再算个PMF出来，如果PMF跟之前的PMF比相差很小，则说明收敛了，这个分析可以附在supporting information里。...

再多跑一段时间估计我的时间就太紧张了，我这个体系一个PMF下来少说要一个多星期。我还想请教一个问题，就是我在NAMD官网的很多自由能教程里面看到说：通过各个分窗口的.count文件或者.grad文件也可以判断PMF是否收敛。如果PMF收敛了，则各个窗口的counts should increase uniformly。或者是plot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries。但是我还是不太明白这是什么意思呢？“增加一致”和“窗口连续性”.......
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5楼2015-03-23 16:00:16
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