| 查看: 3017 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
急求。PMF收敛问题求助 已有1人参与
|
|||
| 各位虫友好，我是用MAMD模拟生物跨膜体系，利用ABF方法算出的PMF。但是关于PMF的部分，审稿人给出这样的意见“The PMF results do not have any errors associated and no probe of the convergence of these simulations is shown in any part of the manuscript. This analysis should be included in a new version of the paper.” 请问其中的“ the convergence of these simulations”是指什么呢，应该怎么回答呢？ 多谢多谢 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子动力学 |
» 猜你喜欢
材料调剂
已经有7人回复
-
化学工程085602 305分求调剂
已经有10人回复
-
289求调剂
已经有15人回复
-
291 求调剂
已经有7人回复
-
274求调剂
已经有14人回复
-
北京林业大学硕导招生广告
已经有3人回复
-
309求调剂
已经有5人回复
-
292求调剂
已经有8人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂
已经有3人回复
3楼2015-03-19 14:37:55
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2015-03-19 11:14:13
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
4楼2015-03-20 07:49:25
|
再多跑一段时间估计我的时间就太紧张了，我这个体系一个PMF下来少说要一个多星期。我还想请教一个问题，就是我在NAMD官网的很多自由能教程里面看到说：通过各个分窗口的.count文件或者.grad文件也可以判断PMF是否收敛。如果PMF收敛了，则各个窗口的counts should increase uniformly。或者是plot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries。但是我还是不太明白这是什么意思呢？“增加一致”和“窗口连续性”.......  |
5楼2015-03-23 16:00:16
