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急求。PMF收敛问题求助已有1人参与
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| 各位虫友好，我是用MAMD模拟生物跨膜体系，利用ABF方法算出的PMF。但是关于PMF的部分，审稿人给出这样的意见“The PMF results do not have any errors associated and no probe of the convergence of these simulations is shown in any part of the manuscript. This analysis should be included in a new version of the paper.” 请问其中的“ the convergence of these simulations”是指什么呢，应该怎么回答呢？ 多谢多谢 |
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 分子动力学 |
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3楼2015-03-19 14:37:55
lsloneil
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2楼2015-03-19 11:14:13
lsloneil
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4楼2015-03-20 07:49:25
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再多跑一段时间估计我的时间就太紧张了，我这个体系一个PMF下来少说要一个多星期。我还想请教一个问题，就是我在NAMD官网的很多自由能教程里面看到说：通过各个分窗口的.count文件或者.grad文件也可以判断PMF是否收敛。如果PMF收敛了，则各个窗口的counts should increase uniformly。或者是plot the forces stored in the *.grad files for all windows, checking for continuity across the window boundaries。但是我还是不太明白这是什么意思呢？“增加一致”和“窗口连续性”.......  |
5楼2015-03-23 16:00:16