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1142634328

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求do_dssp的详细安装步骤?谢谢。 已有1人参与

求do_dssp的详细安装步骤?谢谢。
do_dssp运行环境为ubuntu11.10,gromacs4.5.3。do_dssp是为了计算动力学模拟后蛋白质的α-helix、β-sheet和turn的数量。如果其他软件可以计算蛋白质的α-helix、β-sheet和turn的数量,麻烦告诉我该软件的详细安装步骤,谢谢
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anyachan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
1142634328(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-20 08:02:32
1142634328: 金币+48, ★★★很有帮助, 谢谢你的会提 2015-03-20 21:34:21
我的具体做法是:
ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/中下载
dssp-2.0.4-linux-amd64
放入/usr/local/bin
mv dssp-2.0.4-linux-amd64 dssp
chmod a+x dssp

祝成功!
2楼2015-03-19 11:18:38
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1142634328

铜虫 (初入文坛)

内容已删除
3楼2015-03-19 18:55:37
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anyachan

木虫 (小有名气)

内容已删除
4楼2015-03-24 20:33:58
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1142634328

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by anyachan at 2015-03-24 20:33:58
我就是这么做的,不知道你的有什么问题?...

麻烦你说得更具体点,可以么?谢谢
5楼2015-03-25 19:13:25
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sxlwl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by anyachan at 2015-03-24 20:33:58
我就是这么做的,不知道你的有什么问题?...

请教:
运行do_dssp后显示:
There are 164 residues in your selected group
dssp cmd='/usr/local/bin/dssp -i ddQTaB0E -o ddNAN2s3 > /dev/null 2> /dev/null'
Reading frame       0 time    0.000   
Back Off! I just backed up ddQTaB0E to ./#ddQTaB0E.1#
一直这样,不知是什么情况?
6楼2015-05-11 16:30:44
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小许高年级

新虫 (初入文坛)

(该方法可能有效)注:安装dssp时,仔细看解压后的dssp文件夹中有没有dssp.exe。若有,直接将该文件夹放至 /usr/local/bin中;若没有,下载dssp.exe。且在bin文件夹打开终端,输入 sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp 修改dssp的执行权限即可。
(亲测两次,都有效)若上述方法不行,则将dssp-2.0.4-linux-i386文件移动至/usr/local/bin中,打开终端,输入命令:sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp,即可。
MD小白
7楼2020-04-28 17:21:19
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冷血孤峰

银虫 (小有名气)

不如直接sudo 自动安装,哈哈

发自小木虫IOS客户端
8楼2020-05-19 08:33:36
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