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1142634328

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求do_dssp的详细安装步骤？谢谢。 已有1人参与

求do_dssp的详细安装步骤？谢谢。
do_dssp运行环境为ubuntu11.10，gromacs4.5.3。do_dssp是为了计算动力学模拟后蛋白质的α-helix、β-sheet和turn的数量。如果其他软件可以计算蛋白质的α-helix、β-sheet和turn的数量，麻烦告诉我该软件的详细安装步骤，谢谢
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1楼 2015-03-17 21:26:55
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1142634328

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by anyachan at 2015-03-24 20:33:58
我就是这么做的，不知道你的有什么问题？...

麻烦你说得更具体点,可以么?谢谢
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5楼2015-03-25 19:13:25
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anyachan

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1142634328(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-20 08:02:32
1142634328: 金币+48, ★★★很有帮助, 谢谢你的会提 2015-03-20 21:34:21
我的具体做法是：
在ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/中下载
dssp-2.0.4-linux-amd64
放入/usr/local/bin
mv dssp-2.0.4-linux-amd64 dssp
chmod a+x dssp

祝成功！
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2楼2015-03-19 11:18:38
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sxlwl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by anyachan at 2015-03-24 20:33:58
我就是这么做的，不知道你的有什么问题？...

请教：
运行do_dssp后显示：
There are 164 residues in your selected group
dssp cmd='/usr/local/bin/dssp -i ddQTaB0E -o ddNAN2s3 > /dev/null 2> /dev/null'
Reading frame       0 time    0.000   
Back Off! I just backed up ddQTaB0E to ./#ddQTaB0E.1#
一直这样，不知是什么情况？
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6楼2015-05-11 16:30:44
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小许高年级

新虫 (初入文坛)
（该方法可能有效）注：安装dssp时，仔细看解压后的dssp文件夹中有没有dssp.exe。若有，直接将该文件夹放至 /usr/local/bin中；若没有，下载dssp.exe。且在bin文件夹打开终端，输入 sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp 修改dssp的执行权限即可。
（亲测两次，都有效）若上述方法不行，则将dssp-2.0.4-linux-i386文件移动至/usr/local/bin中，打开终端，输入命令：sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp，即可。
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MD小白
7楼2020-04-28 17:21:19
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